张居正的改革,建立在集中的相权之上,而他的权威又建立在皇室的信任之上,但皇家的情谊不同于世俗的友谊,并没有永久性。神宗是一生性聪明的少年,在母亲、冯大伴、张先生的严厉管束下,他显得儒雅、懂礼教,但在听话的外表下却是一颗高傲的心,他的血管里流着祖父世宗的血,在委曲求全的背后便是伺机报复了。张居正当众斥责他,当时隐忍了,但这耻辱是忘不了的,烦闷无处可发,就对那些无力反抗的人发泄。神宗10岁时,曾因御史疏中有 “唐高不君,则天为虐” 之语大怒,执意将这御史贬为庶民。12岁时,言官弹劾内监醉酒放肆,他认为这是朝臣干涉宫内之事,勃然大怒。随着年纪的增长,皇帝和张居正的矛盾更日益加深,但多年的师道尊严起着作用,关系还相当亲密。一次日讲,年轻的皇帝说: “先生功大,朕无可为酬,只是看顾先生子孙便了。” 张先生自然感激涕零。万历十年六月,张居正病重身亡,终年57岁。自此,神宗才真正亲政,他首先要做的便是清除张居正的影响,他一直对冯保的管制耿耿于怀,又听说冯家财富胜过皇上,便突然逮捕了冯保,抄得金银100余万,贪财的皇帝初次尝到查抄的甜头。倒张势力接二连三上疏,在他们的描绘下,张先生的形象逐渐变得虚伪阴险,罪名有欺君害民,受贿卖官,甚至任用戚继光等武将,也成了居心叵测,妄图谋反,神宗看了又失望又气愤。万历十一年,张居正的官阶、谥号等一律作废,十二年,张家被查抄,其长子自杀,家人死数十口,他所提倡的改革方案也相继推翻。当时人于慎行悲愤地说:“当其柄政时,举朝争颂其功而不敢言其过,今日既败,举朝争索其罪不敢言其达,皆非实情。”从此,朝政又陷于无是非的纷争与腐败之中。