万历初张居正改革使明帝国一度出现国富兵强的景象，但张居正一死，改革成果便付之东流，好不容易积蓄起的财富，又挥霍一空，各种矛盾趋于激化，社会秩序又动荡起来，各地兵变民乱频发，边疆的少数民族暴动也时常发生，一旦有事，朝无可用之人，国无可用之钱，以至大学士朱赓对皇帝说： “每接邮筒，惟恐边腹告急，以至不敢看。” 统治者已惶惶不可终日。万历二十年，宁夏哱拜起兵叛乱。哱拜原为蒙古鞑靼人，在鞑靼内争时，其父兄皆被杀，哱拜幸免，便投靠了明朝边将。哱拜骁勇善战，屡立战功，后提升为参将，独率一军，他年老退休后，其子承恩袭军职，在沿边享有很高威望。哱拜父子率部参与了明朝的抵御蒙古各部的战事，发现明军皆不如己部强悍，加上巡抚不肯为其报功，还要治冒领粮饷之罪，便悍然起兵叛乱。他们杀了地方官，很快占领了河西四十七堡，想在宁夏建立割据政权。朝廷从各地调来大批军队和火器，包围了宁厦城，但经六月仍攻不下，城中粮尽，又决黄河水淹城，最后施离间计，使叛军自相残杀，方才攻入城中。北方的叛乱刚平，南方的战火又起，播州土司杨应龙叛乱了。播州即今贵州遵义地区，从唐朝以来就由杨氏统治，至杨应龙传为29世，明初以来沿用前代的土司制，任杨氏为播州宣慰使，杨氏不但管理民政，还有自己的军队，通过朝贡受中央政府管辖。随着明朝衰落，杨应龙日益不服朝廷指挥。万历二十一年，明军三路进攻，在娄山关大败。后明政府忙于援朝抗倭，对杨应龙实行招抚，他便乘机扩张势力，二十七年攻陷川东重镇綦江。明政府调集24万大军分八路进攻，才将叛乱平定下去。援朝战争、平定哱拜及播州之役合称为“万历三大征”，国力从此更为衰败。