明中叶以来的内阁纷争、朋党相攻腐蚀了朝廷政治，使许多有抱负的政治家一事无成，鉴于历史教训，张居正不惜采取血腥镇压和政治阴谋的手段，将政权牢牢地把握在自己手中。他一人专权，便意味着其他朝臣的失势; 实行考成法，使大批庸官失位或难以胡混; 改革驿站制、实行一条鞭法等，损害了一部分人的既得利益。于是，产生了不少对立面，他不得不耗费心机为巩固相权而战。万历四年正月，御史刘台上疏弹劾张居正以权谋私。明朝200年来还未见过门生弹劾座主的，居正深以为耻，跪在御座前，流着泪请求辞职。神宗把他扶起来，说： “先生起，朕当责刘台以谢先生。” 居正仍一再上疏以去职要挟，皇帝慰留，并口传圣旨： “刘台这厮，谗言乱政，着打一百充军，拟票来行。”为在清议方面挣些面子，居正上疏论救，使刘台免廷杖，只除官为民，但以后仍通过亲信以别的借口将他流放了。万历五年九月，张居正父亲去世，按封建礼教，他必须回家守丧27个月。这时神宗才15岁，还离不了张先生，和太后商量后，决定不许他离职，这叫“夺情”，大学士夺情在前代也是有先例的。张居正也恐怕手中的权力一放，便不能再复回。上疏乞归本是例行公事，这时正好顺水推舟。此事传出，许多朝官出于各种目的，或仅仅是为了维护纲常礼教，对张居正进行了围攻，或集体劝他归去，或写信婉劝直谏，张居正置之不理，于是有四名官员向皇帝告状，圣旨令廷杖上疏者。廷杖是很重的刑罚，许多人往往被活活打死。众官又围着居正，要他救此四人，这次居正无论如何不肯救了，四人被打得死去活来。倒张的运动暂时压了下去，但张居正得罪了更多的官员，北京城内出现反张的传单，一时满城风雨。