起义军渡过黄河，河南到处告急，1个月间，足迹遍及河南西部各县，对朝廷来说，局部的问题变成了心腹之患。中原百姓正苦不堪言，义军来到，迅速和贫苦农民汇成势不可挡的洪流。起义军的战斗力也有了显著提高，普遍拥有战骑，一昼夜可行二三百里，如今往往主动迎敌，战术有了很大的提高。明廷不断增兵，甚至调来边兵，并设管辖数省军务的总督或总理。崇祯七年春，陈奇瑜为五省总督，调集五省兵马围剿农民军，农民军连遭重创，纷纷向陕西、四川转移。李自成、张献忠部进入汉中地区，误入车厢峡，这里山高路险，居民稀少，出口被官军把守，适逢连续两月阴雨，弓矢湿烂脱落，战马缺料死亡，士兵数日不得食，处境十分危急。李自成等决定伪降，下令搜集全军的金银财物，遍贿陈奇瑜左右，官军本不想打硬仗，得了贿赂便同意招安。义军整队出峡，得到了休整和补充，一天夜里突然杀了招抚官，又重举义旗了。崇祯帝气得七窍生烟，把陈奇瑜逮捕充军，50几个将官也被逮捕下狱。起义军再入河南，声势更壮，明官描述说，义军如波涛般涌来，自朝至夜，连营数十里，踏出一条宽阔的大道，只听人喊马嘶，也不知到底有多少人。崇祯八年正月，农民军在河南再度联合，号称十三家七十二营，有二三十万之多。明廷命洪承畴为五省总督，调大军进行围攻。义军首领在荥阳召开了大会，发生了激烈争论。李自成激昂慷慨地说：“一个人还要奋战，何况我们有十万大军，官军是无能为力的。”大家接受了李自成的建议，分兵突围。李自成、张献忠部突破了东部防线，奇袭了中都凤阳，把朱元璋的祖坟也给烧了。消息传到北京，崇祯帝急得大哭，叫百官都穿上丧服，凤阳巡抚也被拉来当替罪羊给宰了。
