元代的“汉化”方针在元初已初步形成，“尊孔崇儒”是“汉化”的基本内容。不过在元初，由于当时南北“声教不通”，宋代理学还未传到北方，北方仍是“句读”之学。在入主中原、进兵南宋之后，理学才逐步北传。“尊孔崇儒”发展为“尊崇理学”，这一变化与书院的发展有着密切关系。
元代首创的太极书院，既是北方创办书院之始，又是理学在北方传播的第一个基地。
郝经在《太极书院记》中说：“乃于燕都筑室，贮江淮书，立周子(敦颐)，刻《太极图》及《通书》、《西铭》等于壁。请云梦赵复为师儒，右北平王粹佐之，选俊秀之有识度者为道学生，推本谨始，以太极为名，于是伊洛之学遍天下矣。”
《宋史·赵复传》也称：“复以所记程朱所著诸经传注，尽录以付枢(姚枢)”，“由是许衡、郝经、刘因，皆得其书而尊信之”，“北方知有程朱之学，自复始”。
许衡是赵复百余名门徒中的佼佼者。当他从赵复处得理学义旨后，曾对弟子说：“昔所授受，殊孟浪也。今始闻进学之序。若必欲相从，当悉弃前日所学章句之习，从事于小学洒扫应对，以为进德之基，不然当求他师。”于是众弟子“遂悉取向来简帙焚之，使无大小，皆自小学入。”“自得伊洛之学，冰释理顺，美如刍豢，尝谓终夜以思，不知手之舞，足之蹈。”在他的努力下，程朱理学被定为科场试士的程式，列为教育官定内容。
赵复的弟子门徒除许衡外，还有姚枢、郝经、窦默、刘因、梁枢、赵彧〔yu玉〕等。这些人都对元代书院的发展有重要影响。有的本人创办书院，有的由他们的弟子创办书院，而且均以程朱理学为讲学宗旨和内容。如：刘因，保定容城(今河北徐水)人。入元终身不仕，一生隐迹乡野，创建静修书院授徒讲学达25年之久。他极力推崇理学大师，“邵(雍)至大也，周(敦颐)至精也，程(二程)至正也，朱子，极其大，尽其精，而贯之以正也。”据说他教学中，“师道尊严，弟子造其门者，随材器教之，皆有成就”。
南方诸儒，创建书院，传播程朱理学之风更盛。如：金华王柏，得朱子三传之学。讲学于上蔡书院；许谦，居东阳八华山，学者从之甚众，江浙中书省为请于朝，建四贤书院；徽州胡炳文，于朱熹所著“四书”，用力极深，东南学者深慕其学，愿从之游者众，建明经书院并任山长；黄泽，居九江，以明经学道为志，义理一宗程朱，授江州景星书院山长，又为东湖书院山长，从学者益众；同恕，入元不仕，陕西行台侍御史赵世炎，请即奉元置鲁斋书院，先后从学者殆千余人；周仁荣，受性理之旨，工为文章，授美化书院山长。
对元代书院和传播程朱理学影响甚大的还有程端礼。程端礼先后任稼轩书院和江东书院山长。程端礼从学于史蒙卿，传朱熹“明体达用”之学，学者及门人甚众。他所著《程氏家塾读书分年日程》遵循朱熹“读书穷理”，“达于日用”的治学精神和方法，成为元代书院和各级官学通用的教学指导纲要。他的《集庆路江东书院讲义》更进一步集中阐发了程朱的为学之道和治学之方，逐条阐述了朱熹的读书法，概括为：循序渐进，熟读精思，虚心涵泳，切己体察，著紧用力，居敬持志六条，号称“朱子读书法”。他自称：“惟精庐(即书院)初建，端礼荒陋匪材，夫岂其任。承乏之初，敢以朱子读书法，首与同志讲之，期相与确守焉，以求共学之意，使他日义精仁熟，贤材辈出，则朱子之训不为虚语，精庐不为虚设，顾不美欤！”
元代书院绝大部分是以传授程朱理学为宗旨的。但元代的程朱理学已经发生了深刻的变化。书院的讲学，都不同程度地具有“和会朱陆”的倾向和特色。
主讲于太极书院的赵复，是传朱学于北方的第一位学者。然而，在他的学术教育思想中，已兼陆学的因素。人称赵复“乐易而耿介”，易即简易、直截。他主张“博溺心，末丧本”，教人“自修读《易》求文王、孔子之用心”。在博约和本末关系上，不同于朱熹的泛观博览、支离琐碎，而溶入直求本心之意，近似陆学的简易工夫。从学于赵复的许衡，被誉为“朱子之后第一人”，也被视为是谨守朱学的。事实上，他也并未严守朱学门槛，而是同意了天理赋予人心的命题，强调了尽心知性，知之其方可行之力。与许衡并称“二许”的许谦也非“株守一家”，杂入了陆学的心本论。他甚至认为求之心外，天下事物不可能穷尽，“执词泛求”等于弃本逐末，“非尊德性，则不能道问学”。几乎否定了程朱的“格物致知”，“读书穷理”的重要命题。
吴澄是元代理学在南方的主要代表人物，与北方的许衡齐名，有“南吴北许”之称。吴澄从学于饶鲁的门人程若庸。而饶鲁本是朱熹高足黄榦的弟子，但他不株守朱学门户，“晚年多不同于朱子”。程若庸主讲临汝书院20余年，虽以朱熹学说教人，但“不尽合朱子之意”。吴澄在偏离朱学，“和会朱陆”的道路上走得更远，以至有“宗陆背朱”之嫌。吴澄认为，所谓朱陆之争，实际上是朱陆的庸劣门徒们制造出来的，朱熹与陆九渊“二师之为教一也”。
吴澄对元代书院的发展影响很大，他早年就读于临汝书院，从师于程若庸，留下了美好的回忆和深刻印象。他在《送临汝书院山长黄孟安序》中追忆说：“余昔游处其中，有宿儒揭领于上，有时彦曳裾于下，肩相摩，踵相接，而谈道义、论文章者彬彬也。昼之来集者如市，夜之留止者如家。”后又曾从师于程绍开。程绍开“尝筑道一书院，以和朱陆两家之说”。
吴澄对书院有深厚的感情和充分的了解。他本人长期以“草庐”为名从事讲学，还热心帮助和支持别人创办书院。如：大德四年(公元1300年)安乐夏友兰筹建鳌溪书院，吴澄“与闻其议”，亲自审阅举谏申办书院的公移文书；延祐七年(公元1320年)曾到王氏义塾讲学并代订义塾规则，王氏义塾于泰定元年(公元1324年)获赐额江东书院。他多次应邀赴外地书院讲学，如：延祐五年(公元1318年)讲学于永丰武城书院；次年讲学于江州濂溪书院。
吴澄的弟子门人大都热心于书院教育，积极传扬“和会朱陆”的宗旨。
虞集是吴澄最得意的弟子。自至元二十三年(公元1286年)15岁起，直至元贞二年(公元1296年)25岁，整整10年随吴澄游学。虞集对书院讲学十分重视，早年曾自号书屋为“邵庵”，晚年讲学于崇仁山中仍以“邵庵”为名，因来学者日众，至不能容，弟子们助其扩建规模，作邵庵书院。他经常应邀到各地书院讲学，关心各地书院的发展，对书院教育有许多精辟的见解。他先后撰写了书院记等有关书院的文稿10余篇。如：至大二年(公元1309年)作《慈利州天门书院记》，延祐四年(公元1317年)作《西山书院记》，泰定元年(公元1324年)作《故丹阳书院山长马君墓碣铭》，至顺元年(公元1330年)作《鹤山书院记》、《滕州性善书院学田记》，至顺三年(公元1332年)作《光泽县云岩书院记》、《兰山书院记》，至元元年(公元1335年)作《重修张岩书院记》，至元三年(公元1337年)作《尼山书院记》，至元五年(公元1339年)作《南轩书院新建藏书阁记》，至正元年(公元1341年)作《屏山书院记》、《考亭书院重建文公祠堂记》、《抚州临汝书院复南湖记》。为元代书院留下了宝贵的史料文献。
吴澄的门人中还有不少创建书院或在书院中讲学，阐述“和会朱陆”的人。如：夏友兰，捐田500亩创鳌溪书院，书院宗旨为“必先孝弟忠信，礼义廉耻，收敛此心……其求端用力之方，在研读四书、五经、初非记览无益之书以夸情洽，雕琢无用之文以炫华藻”。吴澄赞其“悉明孔子之道，故其于先宋后宋所创书院之意皆兼而有之。”实际上是充分肯定其兼取朱陆之长而逊两家之短。又如：虞槃〔pan盘〕，虞集之弟，曾任全州清湘书院山长。包希鲁受教于吴澄，曾任龙溪书院山长，主张“教人必先德行而后文艺”。张鉴，深得吴澄赏识，曾任景星书院山长。
值得注意的是，饶鲁、程若庸、程绍开、吴澄、虞集等都是有感于朱学的“支离”偏颇日甚，探索如何吸收陆学之长，以补朱学之短，从而力求发展和完善朱学，而走上“和会朱陆”的道路，也可以说是“由朱入陆”的。
元代还有一批主张“和会朱陆”的学者，是“由陆入朱”的。他们同样有感于陆学的弊端丛生，欲以朱学之长补陆学之短，以发展和弘扬陆学。其重要代表人物有史蒙卿、郑玉等。他们对元代书院的发展，也有重要影响。史蒙卿，自号静清，入元不仕，设教于乡，讲学不辍，众学者从之。在天台山讲学达八年之久。其门人为建静清书院。他主张：“学问进修之大端，其略有四：一曰尚志，二曰居敬，三曰穷理，四曰反身”(《宋元学案·静清学案》)。明显反映了“和会朱陆”的学术特色。郑玉，讲学于师山，其门人因其地建师山书院。他明确提出“兼综”朱陆的主张，“(朱陆)二先生相望而起也，以昌明道学为己任……以予观之，陆子之质高明，故好简易；朱子之质笃实，故好遽密。盖各因其质之所近而为学，故所入之途有不同尔。及其至也，三纲五常，仁义道德，岂有不同者哉！”“朱子之说教人为学之常也，陆子之说才高独得之妙也。二家之学，亦各不能无弊焉。陆氏之学，其流弊也，如释子之谈空说妙，至于卤莽灭裂，而不能尽夫致知之功；朱氏之学，其流弊也，如俗儒之寻行数墨，至于颓惰萎靡，而无以收其力行之效。然岂二先生立言垂教之罪者？盖后之学者之流弊云尔。”他认为：“近时学者，未知本领所在，先立异同。宗朱则毁陆，党陆则非朱，此等皆是学术风俗之坏，殊非好气象也。”(《师山集·送葛子熙之武昌学录序》)他主张应各取所长，互补所短，见其长防其短，弃其短扬其长，“陆子静高明不及明道，缜密不及晦庵，然其简易光明之说，亦未始为无见之言也，故其徒传之久远，施于政事，卓然可观，而无颓惰不振之习。但其教尽是略下功夫，而无先后之序，而其所见，又不免有知者过之之失，故以之自修虽有余，而学之者恐有画虎不成之弊。是学者自当学朱子之学，然亦不必谤家山也。”(《师山集·与王真卿书》)在激烈复杂的长期学派纷争中，能有如此的识见，实在是难能可贵的。
元代书院在推动“汉化”方针，加速元代封建化进程中，在促进南北学术交流，和会朱陆之争中均有独特的作用。书院教育也正是在这样的历史进程中得到更进一步发展、充实和完善。