手工业生产随着农业生产的发展而得到显著的发展。
纺织工业在清代占有重要地位。南京、苏州、杭州、佛山、广州等地丝织业都非常发达。南京织机，乾、嘉时期达3万多张，丝织品畅销全国。苏州城的东城比户皆织，不啻万家。广州丝织业在嘉、道年间，织工达四、五万人，所产纱缎甲天下，超过苏、杭水平。远在西南的遵义所产丝绸，竟与吴绫、蜀锦争价于中州。
染织业在江南日益发达。康熙时，苏州踹布工匠七八千人，雍正时增至1.9万多人。无锡也盛产棉布，乾隆时贩运到北方的无锡棉布，一岁不下数十百万，被称为 “布马头”。
景德镇仍是全国最大制瓷业中心。乾、嘉时期业陶数千户，不说官窑，光民窑就有二三百区，终岁烟火相望，工匠人夫不下数十万。除景德镇外，全国著名陶瓷产地有四十余处。清瓷水平高，色彩新颖精美。
制糖业在台湾、广东、四川等地都很发达。康熙中叶，台湾年产糖二三十万石，远销京津、吕宋、日本。广东蔗糖也贩运四方。闽、浙、赣、苏的制糖业也有迅速发展。
冶矿业的发展。云南铜矿，乾隆时开办300多处，工人达数百万，大厂数万人，小厂亦达万人，最高年产量1467万斤。贵州铅矿，乾隆时年产黑铅1400多万斤。广东的冶铁炉不下五六十座，佣工者不下数万人。佛山有铸锅业、炒铁业、制铁线业、制钉业、制针业。铸锅不仅销行全国，还大量输出国外，雍正初年，外商买锅每船少者一二百连，多者千连。
清朝出现了山西票号、两淮盐商、广东行商及各地粮商、布商。岁入巨万，财力雄厚。