康熙十二年 (1673年)，尚可喜要求归老辽东，由尚之信袭爵。康熙以此为撤藩的良机，同意尚可喜撤藩，结果触动了吴、耿二人。吴、耿二人一面假意申请撤藩，试探朝廷动向，一面积极准备叛乱。清廷内部对是否撤藩引起了激烈的争论。康熙皇帝认为： 撤亦反，不撤亦反，不如先发制之。
撤藩令一下，吴三桂便于康熙十二年 (1673年) 发动叛乱，打进湖南，占领沅州、常德、衡州、长沙、岳州等地，自称周王、天下招讨都元帅。不久，广西将军孙延龄和耿精忠响应叛乱，占据了广西和福建。吴三桂在全国各地的党羽也纷纷叛乱，特别是陕西提督王辅臣，尚可喜儿子尚之信的叛乱，使清朝统治大受震动。整个江南和陕、甘、川都为叛军所有。
这时，八旗兵入关已30年，失去当年的战斗力，所以屡次战败。但由于康熙皇帝采取剿抚并用的政策，重点打击吴三桂，分化王辅臣、耿精忠、孙延龄、尚之信。再加上满、汉矛盾得到缓和，许多汉人将领都站到康熙皇帝一边，使战争形势在两年之后发生了转机，王辅臣先向清朝投降，耿精忠、尚之信、孙延龄也先后投降。
吴三桂的将领也有一部分投降。为了鼓舞士气，吴三桂于康熙十七年 (1678年) 在衡州称帝，国号大周，改元昭武，大封百官诸将，但不能扭转败势。这年秋天，吴三桂病死，其孙吴世璠继位，改元洪化。清军趁机进攻，于康熙二十年 (1681年)攻下昆明，吴世璠自杀。延续八年的 “三藩” 之乱结束。
平定 “三藩” 之乱，适应多民族国家走向统一的趋势，得到人民的拥护。吴三桂破坏统一、残害人民，必然走向失败。
