清代地方行政组织为省、道、府 (直隶州、厅)、县 (散州、散厅) 四级。此外，还有与省大体平行的边疆特别行政区。
鸦片战争前，设18行省，后增台湾、新疆、奉天、吉林、黑龙江5省。最高长官是总督和巡抚，每一省或二、三省设总督，各自均设巡抚。他们都是皇帝的心腹。每省还设有提督学政一人，与督抚平行。督抚之下，设承宣布政使司和提刑按察使司，各设使一人。布政使又称藩台，主管一省民政、财政、人事，按察使又称臬台，主管一省司法、刑狱，纠察，兼领驿传。
道设道员，各省无定员。道有分守道与分巡道，分守道专掌钱谷，分巡道专掌刑名，此外还有专职道，是主管一省某一方面事务的，如粮储道、盐法道、兵备道、河工道等。
府设知府一人，上隶于省，下督率所属州县官。全国有215府。州分散州 (属州)、直隶州二种，设知州一人 (又称刺史、州牧)。散州隶于府，辖区较县大，级别与县同，直隶州与府同级 (无属县)，直属于省。
厅一般设在边远地区，分属 (散) 厅、直隶厅二种，设同知或通判一人。属厅隶于府，直隶厅与府同级，隶于省。
县设知县 (又称县令、县尹) 一人，是为临民官，主管一县政事。清代全国共有县1358个。
清代的基层政权组织是保甲。不论城乡，十户一牌，十牌一甲，十甲一保，各立长一人。每户门上挂一印牌，上写户主名和丁口数，并登入官册。户口迁移，需注明来往处所。佃户、雇工或附于牌甲之末，或附于本户之下，如有造反，实行连坐。还有与保甲制相表里的里甲制，系因袭明代，是专管赋役的基层组织。