大西军建立了以昆明为中心的西南抗清根据地后，孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇一同称王，以孙可望为首领，设六卿，以干支纪年，以 “兴朝” 为年号，大力整顿地方，建立政权机构，严保甲、定丁赋、榷盐税、铸钱币、造兵器，对农民军家属进行妥善安排，给以照顾。军队纪律严明，兵马三日一小操，五日一大操，凡发兵出剿，所到之处，鸡犬不惊。大西军还注意发展生产，兴修水利，开展 “打粮运动”，强制粮商富户缴出囤积的粮食以充军粮和救济粮，出现了 “百姓乐业” 足兵足食、“若不知有交兵” 的大好形势。
在这种情况下，大西军经过慎重酝酿，于顺治六年 (1649年) 提出与永历小朝廷实行“联合抗清” 的策略。这一策略的转变反映了农民军的高瞻远瞩。
永历小朝廷对大西军的态度则分成两派。一派反对，一派同意。谈判拖延了一年多。最后，大西军派武装进入南宁，把反对派主要分子抓起来处死。这时，清军进攻加紧，没有大西军的保护，永历政权便无法生存下去，因而被迫与大西军“联合抗清”“合师北拒”。
大西军与永历朝廷联合后，放开手脚进行北伐。把吴三桂几乎捉住，把孔有德逼进桂林，走投无路，自焚而死。清朝派敬谨亲王尼堪率10万余人直扑长沙，大西军有计划撤离长沙，在衡州设伏，阵斩尼堪。桂林、衡州两次战役，使天下大震，清统治者甚至要放弃川、滇、黔、粤、桂、赣、湘七省了。
