郑成功死后，其子郑经继续统治台湾。
这时的形势已发生变化，满汉的民族矛盾相对缓和，统一与分裂上升为新的主要矛盾。郑经仍以南明为正统，失去了原来抗清斗争的意义。郑经与其叔父郑袭发生火并，派系之争严重，政治上走下坡路，在“三藩”叛乱时，郑经一会儿支持耿精忠，一会儿又与耿精忠反目，军事上失去方向，再也提不出有号召力的政治主张。郑经死后，其长子郑克��监国，因诸弟争位而生内讧。 郑经部将冯锡范杀克��，立克塽为傀儡。 台湾统治集团分崩离析，腐朽不堪。郑克塽又企图使台湾成为一个半归附半独立的国家。
对台湾取何种态度，也是清政府反复争论的一个问题，以鳌拜为首的保守势力极力压制进取台湾的主张。但是康熙皇帝一直主张进取台湾，在平定 “三藩” 之后，启用主张统一台湾的姚启圣为福建总督，施琅为福建水师提督，筹划进取台湾。
施琅主张先取澎湖，以扼台湾之吭，得到康熙皇帝的支持。施琅率战船300，水师2万，经7天战斗，占领澎湖。
清军占澎湖，郑克塽极为震恐，便于康熙二十二年 (1683年) 率众出降。
收复台湾后，又有人主张放弃之，康熙皇帝支持施琅坚守台湾、开发台湾的主张，于康熙二十三年 (1684年) 在台湾设一府三县： 台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，隶福建省。并在台湾设总兵1员，副将2员，驻兵8000，分水陆8营。于澎湖设副将1员，驻兵2000，分为2营。
自古以来就是祖国不可分割的领土台湾，至此又重新统一于清朝中央政府的管辖之下了。
