雍正四年 (1726年) 到九年 (1731年)，清政府在少数民族众多的西南地区实行了 “改土归流” 的政策。土，是指 “土司”，“流” 是指 “流官”。这一政策在明朝曾实行过。到了清朝，西南少数民族又与清政府分庭抗礼，吴三桂叛清自立，各土司颇为所用。这些少数民族居于滇黔川桂，以古州为中心，周环300里，列寨1300余，名曰 “苗疆”。清政府任命鄂尔泰为云、贵、广三省总督，鄂尔泰进行了大规模的 “改土归流” 工作。在五年期间，由土司改成流官的地区共有309处之多。乾隆时，清政府又在四川西北部大小金川地区，在平叛的基础上，施行了改土归流。乾隆十一年 (1746年)，大金川土司莎罗奔作乱，清廷派兵平叛，时经二年，莎罗奔降附。乾隆三十六年 (1771年)，小金川土司僧桑格作乱，大金川土司索诺木派兵暗助，清廷又派兵平叛，到乾隆四十年 (1775年)，才把这次叛乱镇压下去。两次用兵，劳师费银，诛大臣、失良将，损失严重，在平叛之后废除土司，改设朝廷派的流官进行管理，这样就消除了土司割据状态。
“改土归流” 是我国政治制度史上的一项重大改革措施，以前各朝往往在少数民族地区设羁縻州，以怀柔的办法进行统治，土司头人都是土皇帝。“改土归流” 后，这种状况得到了很大的改变，客观上对各族之间的经济、文化联系，对中央朝廷与各地方的关系的密切，都起了一定的积极作用，从而有利于我国统一的多民族国家的巩固与发展。