模摹列强，制定宪政之法；在宪政之法的规范下，实行司法独立；开展现代法学教育，养成现代法律人，这就是沈家本晚年致力法律改革的理想。这种理想，就是法治理想。对于他的这种理想和付出，时人是认同肯定的。1913年北京湖广会馆追悼会的挽联尚有：
所谓今之皋陶，取申韩法治精神务去其毒
不愧古时儒者，习马郑经生事业而会其通
老成人尚有典型，愿共和国民为法治国民，大辂椎轮谁祖述
万间厦广庇寒士，是同堂纪念即千秋纪念，山邱华屋感存亡
藏之名山，传之其人，并世著作家，一代文章推师表
民吾同胞，物吾同与，共和法治国，千秋功伐在刑书
这是时人对他的盖棺定论。
但是，沈家本的这种法治追求理论贫乏。晚清立法修律是专制帝王政治权力危机的产物，而不是理论成熟的民众政治行动。沈家本接受的是帝国皇帝的修律任命诏书，他是清帝国的修律大臣，而不是君主立宪国或共和国议会推举的法律起草委员会主任。他主要从救国救亡角度接受西方法治，认为实行西方式的法治就能强国救国。由于主客观上的这些原因，理论缺失便在所难免。这是20世纪初年法律改革者追求西方法治的死穴。
理论缺失在什么地方呢？
现代法治的原则是人权保障和分权。沈家本说过，西方法治是三权分立，互相维持，使人人都有自由的便利，又不超越法律的范围。但这仅仅是几句话，是纲，没有展开，没有理论体系。在人权保障上，“礼法之争”可以说是围绕人权的法律论战，法派当时就提出，制定新法的一个重要目的就是保护人权。还有禁革买卖人口，废除奴婢律例，都可以说是人权的保障。但同样缺少理论体系的支持。
司法独立是沈家本法治追求的重要部分，在理论上他做过一些论证。他的论证分为两层：一是通过分析传统中国行政官兼理司法的四大弊害，来间接说明司法独立在近代中国的必要性；二是司法独立已成各国的潮流，而且是中国古已有之的良规。
沈家本归纳的行政官兼理司法存在四大弊害，简言之：行政官员没有专门的法学知识；胥吏容易营私舞弊；上诉制度流于虚设，相关法规几乎形同具文；以及它的存在有碍于收回领事裁判权。这种论证，没有触及行政官兼理司法这个制度本身与传统君主专制之间的必然关系。司法独立制度本身的独立价值——作为贯彻西方权力分立的重要制度设计以保障公民的自由和权利——实际上被有意无意地抽掉了。在西方，不论是在英美等普通法国家还是在法德等大陆法系国家，司法独立制度的建立，是保证有超然于诉讼双方之上的公正裁判者，防止各式各样的专断权力对公民权利和自由的侵犯。尤其是抵御国家本身和作为国家代表的当政者（也就是通常所说的公权力）对公民的威胁，使司法成为人民权利的最后庇护所。这方面的论证，沈家本着墨不多，他只简略地说“司法独立，与立宪国关系至为密切”。但是，两者“密切”在何处，立宪国优于专制国的地方何在等问题都没有论及。为什么？是不敢论、不想论还是不知道无法论？现在找不到答案。司法独立停留在操作层面上，这种功利性的司法独立观只会产生更功利的“法治”理论。这种工具主义层面上的司法独立和“法治”，在相当大的程度上揭示了它在近代中国的命运。
为什么会这样？原因在时代。
唐德刚常说时势比人强。现代法治，不论是君主立宪下的君宪法治国还是民主立宪下的“共和法治国”，都是西方现代国家模式。这种模式，以“宪政”为前提。不管这种“宪政”是民主的还是君主的，抑或是君民共主的，搞宪政就要分权。但是，清帝国的“立宪”，是在内外交困的局面下，为稳定自身统治权力而被迫宣布的“立宪”。他要的是集权，而不是分权，是借立宪集权于皇帝，集权于清朝贵族。这种“立宪”，不但不同于西方的民主立宪，与日本的君主立宪也相距甚远，甚至还是导致清帝国被迅速推翻的重要原因。
在这样的环境中，沈家本按照自己的理想而构建的制度，其实际状况会怎样呢？
民国成立，汪庚年在他的《上大总统及司法总长条陈司法独立书》中说，“前清时代，无论普通行政、司法行政，莫不以侵犯司法为常例”。行政官“强揽司法权，以售其舞文弄法之伎俩而遂其私”。而“审判官之判决案件，其拟律之判决文必先受本厅长官之删改，再受法部之核稿，往返驳诘，不得其许可，其谳即不能定”。在法官的任用上，“司法大臣之任用司法官也，一差一缺，纯以金钱献媚之多寡为标准。巧立章程，以便其迁就；破坏法律，以逞其私心”。其结果，“一般毫无法律知识者，皆以金钱或声气之能力，蟠踞于其中”。就京师监狱而言，“北京之模范监狱，其建筑之目的不在改良监狱以改良罪质，乃有调剂私人，多派监工委员，假土木以夥分国库之支出而已”。
钱基博清末曾在江西发审局做过事，下面是他的经历：
辛亥革命前二年，我年二十三岁。江西按察使陶大均读了我的文章，认为我青年可以有为，就托我同乡廉南湖先生介绍，邀我到江西去筹办司法改良。我一到江西，看到司法黑暗重重，省城发审局刑讯酷滥；按察使署刑幕把持。首席刑名老夫子陈绳之，徒子法孙，播满全省各府各县；府县人民上控案件，几乎无一准理！陈绳之因为我是陶臬台特约的人；我一到，就来看我，和我商量，案件不必过问，各府县一年四季节敬（端阳、中秋、冬至和年）分我一股。我当然坚决谢绝，恐怕他心里不安，告诉他说：“陶臬台约我来，商量司法制度如何改良，并不要我问案件。老夫子办案辛苦，府县节敬，我如何敢分润！”因就和他商量司法改良，当前从两事下手：一停止刑讯，一改良监狱。他一口赞成。我草一说帖，上陶臬台。陶臬台人极长厚，认为积习难挽，然而不妨做；商量先从省城发审局做起。发审局提调，系南昌府知府。我的说帖交去，发审委员一致说：“刑讯停止，供无从问！”此事就告搁浅！我退一步，想专致力于监狱改良。我去看新建县知县梁某，请求参观监狱。梁知县陪我巡视一周。当然讲不到“人道”两字。然而我觉得走马看花，不够了解。因为典史管监狱，典史衙门就在监狱旁面（边），自己请示在典史衙门住半月，吊（调）监犯名册，每日提一两个犯人，随便闲话。梁知县大不安，早晚来陪我谈天。我劝他回去治事，不要陪我。他不肯。住了三天，我也只得回去，见陶臬台，告以所见。陶臬台恻然，筹了一笔经费，并且自己捐了二百两银子，交梁知县，吩咐他：“监房一律离地五尺，铺木板。监沟淤塞，一律开浚。”梁知县亦捐了俸银一百两。又指名一老犯人，所谓龙头者，以其虐待同犯，无恶不作，由梁知县自己吊案重办，详申改徒为流，充军到边远地方去。讲不到如何改良，暂时减少一些残酷！到了明年，陶臬台死在任上，我也就回家乡，然而问刑衙门之刑讯不人道，深深埋在我的心头！
总之，清帝国被迫的“立宪”，是沈家本通过司法独立来推行近代中国“法治”的理想受挫的关键原因。
可以肯定的是，通过改革者的努力，大理院终于从刑部剥离出来，一部分地方审判厅也从知县知府衙门剥离出来，中国破天荒有了大理院和各级审判厅这样的专门审判机构。这是进步，应该肯定。但是，前面说了，沈家本的法治实践并没有解决行政干涉司法问题。更为糟糕的是，民国以后枪杆子干涉司法，比行政干涉司法更可怕。到1928年南京国民政府搞司法党化，要党员司法、党义司法，这是历史的进步，还是历史的退步，抑或是当时人认为的革命？这一点留给后人去思考。