《论衡》的主要思想内容
《论衡》一书最突出的贡献是对神学迷信的批评和反驳，其基本理论武器是元气自然论。王充认为，天是没有意志的自然物体，不能有意识地创造万物和人类。他说：“夫天，体也，与地无异。”（《论衡·变虚》）又说：“天地，含气之自然也。”（《论衡·谈天》）当时自然科学的宇宙论有盖天说、浑天说、昼夜说，前两者认为宇宙是体，后者认为宇宙是气。王充把这两种看法加以统一，认为天地是由气构成的实体，是无意志的自然。万物和人类产生于天地之间，是天地施气的结果，而天地施气也是一种自然现象，不是有目的、有意识的活动。“天之行也，施气自然也；施气自然则物自生，非故施气以生物也。”（《论衡·说日》）他有时也把气称为元气，元气又分为阴阳之气、天地之气、精气、和气，以此说明自然界和人类社会的复杂现象。
王充认为，自然界和人类社会各有其自身的规律，“人不能以行感天，天亦不随行而应人”（《论衡·初禀》）。被说成符命、灾异、谴告的那些现象，不过是与社会事件偶然巧合的自然现象而已。王充指出，“文王当兴，赤雀适来；鱼跃鸟飞，武王偶见”（《论衡·初禀》），并不是天降给文武的符命，有时自然界个别现象与人类社会某个事件同时出现是“自然之道，适偶之数”（《论衡·偶会》），与人的善恶、功过无关，并不含有灾异、谴告的意义。传说孟姜女哭夫城为之崩，表面上看似乎是天人感应，其实也是偶然巧合，“或时城适自崩，杞梁妻适哭”（《论衡·感虚》）。王充还依据自然科学知识和实际观察解释了一些自然现象，指出自然现象之间的联系与天人感应具有不同性质，从不同角度反驳了天人感应的神学观点。
王充还反对鬼神观念和神仙不死之说。他指出：“人死不为鬼，无知，不能语言，不能害人矣。”（《论衡·论死》）人的生命现象实质是指阴阳二气的交感聚合而已，阴气形成人的骨肉，阳气形成人的精神，精神附于形体。阴阳二气未结合成人时是没有知觉的，结合成为人时才产生知觉。生命死亡时，“精神升天，骸骨归土”（《论衡·论死》），重新还原为没有知觉的气。“人死血脉竭，竭而精气灭，灭而形体朽，朽而成灰土，何用为鬼？”（《论衡·论死》）除从形神关系论证人死不为鬼外，王充还把生死比喻成冰水，阴阳之气凝为人犹水凝而为冰，人死还原为阴阳之气犹冰释而为水，生命只是气的一种暂时状态。王充对人们所讲的鬼神观念做出了两种解释。一是“畏惧则存想，存想则目虚见”（《论衡·订鬼》）；二是“鬼神，阴阳之名也”，“非死人之精也”（《论衡·论死》），即鬼神不是人死后的灵魂，而是气的一种变化莫测的形态而已。由此，王充进而对汉代所盛行的成仙、不死之术做了深刻的批判，得出“有血脉之类，无有不生，生无不死”（《论衡·道虚》）的结论。
“自然”的概念出自《老子》，汉初《淮南子》对此多有发挥。王充自称其观点继承了《老子》和《淮南子》的自然思想，“虽违儒家之说，合黄老之义也”（《论衡·自然》），并用以反对“天故生人”“故生万物”的神学目的论。在王充看来，自然生成万物，或者自然界奇异现象都是“气自为之”，是无意识的，并无所谓祥瑞、灾异、谴告之说。如果真的存在谴告的事实，则“自然焉在？无为何居？”（《论衡·自然》）不过，王充也指出，道家的自然论也存在着缺陷，即“道家论自然，不知引物事以验其言行”（《论衡·自然》），王充有针对性地提出了以事实和效果检验言行正确与否的观点。这是对道家自然论的发展，在认识论上具有重要意义。
王充的元气自然论虽然强调了事物的客观性和规律性，但他把精神现象归结为某种特殊的物质，不能说明精神的本质。此外，王充认为人的精神来源于“精气”或“阳气”（《论衡·订鬼》），并把善恶观念赋予阴阳之气，认为有所谓“善气”“恶气”“仁之气”“五常之气”决定着人们的命运，从而陷入了命定论。这是王充虽有抗争精神但凭借一己之力很难改变现实的思想折射，从而使王充的思想产生了内部的理论矛盾。
王充思想的内部矛盾在他的社会思想中也有体现。王充认为，汉代远远超过三代，不仅在国土上大于三代，在文化上和农业生产上也超过三代。（《论衡·恢国》《论衡·宣汉》）王充的这种看法是有事实依据的。他自己辩解说，歌颂汉代胜于三代，“非以身生汉世，可褒增颂叹，以求媚称也；核事理之情，定说者之实也”（《论衡·宣汉》）。“宣汉”即意在用社会进化观否定今不如古的社会退化论。但另一方面，王充又认为古今本质上并没有什么区别。他说：“夫上世治者，圣人也；下世治者，亦圣人也。圣人之德，前后不殊，则其治世，古今不异。”（《论衡·齐世》）很显然，在历史观上王充的观点是前后矛盾的。
在社会治乱问题上，王充反对以君主个人的道德高低判定社会治乱的传统观点，十分重视物质生产与生活在历史发展中的作用。这是很有道理的。但是，王充又认为，“谷食”生产的多少完全在于“时数”。《治期》篇又把社会治乱的根本原因归结于“天”“时”，像日食、月食的规律一样，非人力所能改变，《命义》篇又说社会治乱的根源在于“国命”“天命”。这就忽略了人在社会经验生活和政治生活中的能动作用，把社会治乱的原因神秘化了，最终使王充的相关理论很难与神学的天命论加以区别。这说明，不懂得人类社会与自然界的差别，企图直接用元气自然论的观点说明社会历史的发展变化，得不出正确的答案。
王充在反对神学迷信和解释自然与社会现象的过程中，贯穿着一个基本精神，用他自己的话说就是注重“效验”。“事莫明于有效，论莫定于有证”（《论衡·薄葬》），“凡论事者，违实不引效验，则虽甘义繁说，众不见信”（《论衡·知实》）。他把感觉经验置于首要地位，从事实出发，运用逻辑思维，通过类比推理从已知到未知，从事物的产生预计结果，由现象进入本质。王充所依据的基本上是经验知识，其逻辑思维也主要是形式逻辑，表现为用“效验”的方法对具体观点一一验证，用事实作为标准判别是非。
王充所运用的认识方法主要有：1.“任耳目以定情实”（《论衡·实知》），即运用耳目感官去了解事情的原委真相；2.“引物事以验其言行”（《论衡·自然》），即用实际事物检验言论的是非，用实践的效果验证行为的得失；3.“揆端推类，原始见终，从闾巷论朝堂，由昭昭察冥冥”（《论衡·实知》），即运用类比推理的逻辑方法，要求遵守矛盾规律，不能上下相违、前后相伐；4.“贵其识知”（《论衡·别通》），即理论要以确切的科学知识为依据；5.“不学不成，不问不知”（《论衡·实知》），即要通过学习、疑问获得新的认识；6.“事有不可知”，“及其知之，用不知也”（《论衡·实知》），即当论据不足不能做出判断时，不要强不知以为知；7.注意分析“虚妄”产生的根源。
王充运用“效验”的方法分析神学迷信，揭露虚妄不实，在《论衡》中有许多成功的范例。《自然》《谴告》等篇成功地反驳了谴告说。谴告说的理论前提是天人感应说。王充认为，有神论讲天立人君，又讲人君的行为不合天的意志时必将招致天的谴告，这种理论并不能自圆其说（《论衡·自然》）。王充在这里抓住了谴告说的前提与内容之间的矛盾：天的全能性与局限性的矛盾问题。谴告说总想把天说成是全能的；但如果天是全能的，就不会生出平庸之君，谴告就没有存在的必要；现在既出了平庸之君，说明天并非全能，天未必能谴告，那天又如何确保君权的无上神圣与权威呢？由此可见君权神授、天谴告人君说虚妄不实。
王充还将“效验”方法用于探求事物的真相。谴告说宣称“雷为天怒”，王充不同意这个说法，认为雷是火，并提出人中雷而死，须发、皮肤有烧灼之状可见，尸体有烧灼之味可闻等五个证据加以证明，最后得出结论说：“夫论雷之为火有五验，言雷为天怒无一效，然则雷为天怒，虚妄之言。”（《论衡·雷虚》）对于许多被古人神化了的传说，王充都力图给予合乎实际的解释。传说“尧葬于苍梧，象为之耕；舜葬会稽，鸟为之田”（《论衡·书虚》），迷信的解释说这是天保圣德的体现。王充认为实际情况可能是苍梧象多，会稽鸟多，人们看到象践泥土、鸟食杂草，形容为象耕鸟田，实际并没古人所谓的象耕鸟田之事，更不是天保圣德的体现。他还对人的预见能力做了合理的解释。如秦庄襄王的母亲夏太后把墓地选在杜陵时预言，百年之后她的墓旁将有万家邑，其后果如其言。这类预言被谶书加以神秘化，成为迷信的证据。王充指出，事物的发展变化都是有迹兆的，“案兆察迹，推原事类”（《论衡·实知》），即使是一般人也可以凭此预见事物的未来发展趋势，没有必要用神怪去解释。
不过，王充的“效验”方法也存在理论概括的不足。王充虽然用大量事实或类比推理反驳谶纬迷信的观点，但却并不能从理论上真正地驳倒有神论。因为在有神论看来，神之所以为神，就在于它具有超人性，可以不以目视、不以耳听。要反驳有神论仅靠“效验”是不够的，必须从理论上证明不存在神那样的超自然性。王充没有做出这种证明，所以不能彻底驳倒有神论，这是经验论的认识方法不能克服的弱点。