1996年我国江河湖库水域普遍受到不同程度的污染，除部分内陆河流和大型水库外，污染呈加重趋势，工业发达城镇附近的水域污染尤为突出。黄河、珠江、淮河、松花江、辽河、海河等流域有机污染严重。我国四大海区以渤海和东海污染较重，南海较轻，近海海域水质恶化日趋明显。渔业水域生态环境恶化状况没有根本改善，突发性污染事故经常发生，渔业资源和水产养殖业受到明显影响。
农村环境污染不容忽视，全国2/3的河流和1000多万公顷农田被污染。农业化肥施用量、农用塑料薄膜和农药的使用呈逐年增长的趋势，乡镇工业的污染物排放量快速增长。