1898年，加拿大的麦克吉尔大学派人到英国剑桥大学的卡文迪许实验室聘请物理学教授。实验室主任汤姆逊感到很为难。他想：卢瑟福倒是个合适的人选，可让这样一位才气横溢的学生和助手离开，怎么舍得呢?但最后还是忍痛割爱，为了卢瑟福的科学前程，他慨然应允并郑重地写了推荐书。这样，29岁的卢瑟福便到加拿大任物理教授。
卢瑟福荣获诺贝尔奖金的喜讯传到老师那里，汤姆逊出席了曼彻斯特大学庆贺卢瑟福获奖的大会，并高度评价了学生的业绩。1919年，汤姆逊以诚挚的语言四次寄函给卢瑟福，请求才能卓绝的学生继任自己实验室主任的职位。