公元前221年秦灭六国。秦王朝建立后，秦始皇决定采纳法家思想家李斯的建议，“禁科学”，“焚诗书”，实行“以法为教，以吏为师”的愚民政策。对广大劳动人民，特别是农民，实行极端残暴的统治，这就激起了以陈胜、吴广为首的农民大起义，强大的秦王朝很快便被推翻了。刘邦利用农民起义的成果，建立起汉王朝。汉初指导政治的是黄老“无为而治”的思想，这种思想要求统治者宽减刑法，减轻赋敛，与民休养生息，这在当时，对社会的稳定和经济的恢复与发展，是有积极作用的，因此出现了所谓“文景之治”的繁荣景象；到武帝时削平了藩国割据，实现了全国统一，汉朝达到了鼎盛时期。

随着生产发展和经济繁荣，汉代的科学文化也有很大发展。如天文学方面，东汉张衡已指出日有光，月无光，推测到月蚀是地球体遮住日光的结果，还创造了不少重要的天文仪器。再如医学方面，已出现了《黄帝内经》、《难经》、《神农本草经》、《伤寒论》等重要著作，对生命起源、疾病起源、生理解剖、疾病的诊断和治疗、药物的性能和应用，都有重要的发现与发明。科学技术的进步，对汉代哲学思想的发展，起了重要的推动作用。

汉初“无为而治”思想，在秦亡后的一个时期内是适用的，但是随着经济和政治条件的变化，阶级矛盾和统治阶级内部矛盾的发展，它就不再适合统治者的需要了。经过一阶段对历史上各种学说的研究和比较，到董仲舒时就明确提出“文武并用”的主张。他把孔子神圣化，把孔子学说神学化，同时又吸收了法家、阴阳家等各家思想中对封建统治者有用的部分，从而构成了一套完整系统的神学目的论。这种理论把宇宙间的一切都说成是上天有目的地创造的。它用“天人感应”论和神秘化了的阴阳五行论，来论证君权神授和三纲五常，即封建等级制度和道德秩序。它对人民既不主张专靠武力镇压，也不主张“无为而治”，而主张德刑并用，以德治教化为主，这套理论对汉王朝的专制统治是非常有利的。

西汉末年，反动统治阶级为进一步欺骗人民和维护地主阶级的统治，把神学化了的儒学与谶纬迷信密切结合起来，使得儒学更加宗教化和神学化。东汉章帝时，在白虎观召集五经博士和儒生会议，名义上是讨论五经同异，实际上是凭借皇帝的权势，用谶纬迷信来妄断经义。最后写成的《白虎通义》，就是这种谶纬迷信思想的总结与概括。

两汉时期，董仲舒的神学目的论和谶纬迷信，在社会上占据了统治地位，因此神学目的论与反神学目的论、谶纬迷信与反谶纬迷信，就成为两汉时期唯物主义与唯心主义斗争的主要形式。针对唯心主义的神学目的论与谶纬迷信说，以东汉王充为代表的唯物主义者，继承和发展了先秦唯物主义和无神论传统，提出了元气自然论的唯物主义思想体系，从自然观、认识论、道德观、人性论和形神问题等方面，对董仲舒的神学目的论和谶纬迷信进行了有力的驳斥。经过汉末农民大起义的武器批判和王充等唯物主义者的理论批判，两汉时期的神学唯心主义体系开始走向衰微，随着汉王朝的灭亡也就宣告破产了。