世缘将尽
光宗记得，老和尚第一次给他们交代后事也是在这桂花飘香的季节。那是1959年的8月初，老和尚自感病情加重，便在开示时对他们说：
“我们有缘，相聚一处。承诸位发大心，数年间复兴云居道场，辛劳可感。但苦于世缘将尽，不能为祖师作扫除隶，有累诸位。倘我死后，全身要穿黄色衣袍。一日后入龛，在此牛棚之西山旁掘化身窑。火化之后，将吾骨灰，辗成细末，以油糖面粉做成丸果，放之河中，以供水族结缘。满吾所愿，感谢不尽！”
后来，天气变暖，老和尚的病情有所减轻，还能在侍者的搀扶下到天王殿前走走，与他们聊天。这时候，海内外的居士们纷纷来函，说要上云居山为老和尚庆祝一百二十岁的大寿。对此，老和尚都婉言相拒，他说出家人没必要“扮演世俗情态”。生日是母难日，寿庆只会“转增弥罪”。当各痛念生死事大，无常迅速，精进净业，勿空过光阴，勿负此人身！
农历九月初六，瑟瑟秋风。国家副主席李济深病逝的消息传到云居山，那是老和尚几十年的知己，老和尚说了声：“任潮你怎么先走了，我也要去了。”便再不说话。又过了一周，老和尚让侍者把原供在茅蓬中的佛龛搬出。大家感觉不妙，便到茅蓬请老和尚为法长住。老和尚告诫大家不要再作俗态，既然世缘已尽，那就随缘。老和尚说：“我刚才在睡梦中看到一头牛踏断了佛印桥石，又看到碧溪水断流”，而后闭目不语。过了几十分钟，老和尚让大家全都进来，对大家说：“你们侍服我多年，辛苦可感。从前的事不必说了，我近十年来含辛茹苦，日日在危疑震撼之中，受谤受屈，我都甘心，只想为国内保存佛祖道场，为寺院祖德清规，为一般出家人保存此一领大衣。即此一领大衣，我是拼命争回的。你们各人今日皆为我入室弟子，是知道经过的。你们此后如有把茅盖头，或应住四方，须坚持保守此一领大衣。但如何能够永久保守呢，只有一个字曰‘戒’。”说完，老和尚合掌不语，众人退出。到一时四十分，二个侍者进去一看，虚云和尚右肋侧作吉祥卧，已经圆寂。
光宗跟着大家到大殿，为老和尚诵经送往生。诵经声中，光宗看着老和尚的遗体封龛。第二天，在云居山真如禅寺化身窑前举行了老和尚的遗体荼毗仪式。当时的中国佛教协会副主席巨赞法师为之举火。青烟从化身窑孔飘摇而上，弥漫在青松翠竹中。七天后，真如禅寺僧众打开化身窑，得到虚云和尚荼毗所留较大的五色舍利百余粒，小者无数。