顺治十年 (1653年) 哈巴罗夫逃回莫斯科后，他的部下斯捷潘诺夫继续进行侵略活动，后被清军击毙，清政府于顺治十六年 (1659年) 收复了雅克萨，拆除了沙俄军队修筑的堡砦。康熙四年 (1665年)，另一伙又侵占了雅克萨，清政府多次向俄政府抗议，遭到拒绝。康熙二十年 (1681年) 清政府平定 “三藩”后，集中力量反击沙皇侵略，首先决定进攻雅克萨。康熙二十二年 (1683年)，任命萨布素为黑龙江将军，坐镇瑷珲指挥战斗。
中国政府在攻打雅克萨之前，曾照会沙皇政府，希望和平解决，不但遭到拒绝，沙俄政府反而加紧筑工事，赶造战船。
康熙二十四年 (1685年) 二月，下令由都统彭春、副都统郎谈、黑龙江将军萨布素统军3000，分水、陆进攻雅克萨。六月二十三日清军抵雅克萨城下，当即向沙俄统领托尔布津发出警告，沙俄军拒绝和平解决。二十四日清军开始攻城，二十五日沙俄军另一支援军从黑龙江上游乘木筏增援，中途被全歼。二十六日黎明，清军炮火齐发，托尔布津走投无路，只好投降。彭春给以宽大，让他携带财物和随身武器返回尼布楚，清军平毁雅克萨后，回瑷珲城驻地。
但清军撤离不久，托尔布津又返回雅克萨。康熙二十五年(1686年) 康熙帝再下令讨伐，七月十八日，2000清军再抵雅克萨城下，经过几个月激烈战斗，托尔布津被击毙，在攻城指日可下时，沙俄政府被迫接受清政府关于边界和谈条件，清政府下令解除雅克萨的包围。
在雅克萨之战中，各族百姓为清军侦察、运送粮食、弹药，甚至直接参战，起了重要作用。
