郑芝龙是福建南安县人，明末入海为盗，与倭寇联合，娶日本人田川氏为妻，生子成功，居于台湾。后来，荷兰殖民者驱逐了日本人，郑芝龙率其部众活动于福建沿海一带的岛屿间，崇祯初年受招抚，回到故里南安石井村 (又称东石村、延平村)。其宅第纵横数里，为八闽之首富。
南安惠安县还有两个有势力的海盗： 一个叫苟憨，一个叫刘香。苟憨不久死去，刘香拒不受抚。明朝命郑芝龙征讨刘香，交战于五虎门外，郑芝龙弟郑芝虎与刘香在鏖战中双双战死，郑芝龙将刘香的部众尽并为自己的部下，俨然成为福建省的主宰。后因闽、浙大旱，郑芝龙以巨船载饥民数万人，移驻台湾。饥民到台湾后，郑芝龙发给每人三金一牛，使之开发荒岛。台湾岛土地肥美，一岁三获，收成甚好。于是福建百姓纷纷渡海到台湾谋生，聚集而成村落、城镇。
这时的荷兰殖民者2000余人只住城内，广大农民以衣食之余向郑芝龙纳税，而与荷兰殖民者只有交易，而无隶属关系。郑芝龙的势力远远超过荷兰殖民者。
弘光政权建立后，有鉴于郑芝龙在台湾、福建的实力，故晋封他为南安伯，不久又改为总镇，镇守福建。又以其弟郑鸿逵为总兵官，率水军驻守镇江，后清军以计攻占镇江，郑鸿逵又逃回福建。总之，在清初，郑芝龙成为东南沿海最有实力的一个地方军阀。
