张献忠牺牲后，大西军仍然有强大的战斗力。不过，所面临的敌人也更强大，一方面，清肃亲王豪格分兵四出追击; 另一方面，明在西南的残余势力继续与农民军为敌，总兵官曾英屯驻重庆有20万人，杨展纠合几十万人驻扎嘉定，朱化龙拥兵茂州，曹勋据大渡河所，赵荣贵屯兵耒归，巡抚马乾以3万人屯兵内江，总督樊一蘅领副将侯天锡驻泸州，卫副总兵屠龙屯兵纳溪。等等。这些势力把大西军视为仇敌，结成一股相当强大的反动势力。
张献忠余部孙可望、李定国在豪格突进四川后，当机立断，改变军事路线，由顺庆南下，一昼夜驱驰数百里，取得了渠河战役的胜利，接着又以无比的勇气，强渡长江天险，射死总兵官曾英，歼灭前来堵截的20万残明军队，一举占领重庆，并乘胜打下綦江，从而获得了休整和收集亡散的时机。
大西军新的领导集体在綦江发布了著名的 “綦江文告”。文告高度评价了20年间农民斗争的正义性质，缅怀张献忠的功绩，恸悼自己领袖的不幸牺牲，号召全军团结一致，继续战斗，以完成张献忠的未竟大业。文告传谕之后，欢声满营，军士帖然，显示了这支农民军继续抗清的决心。
之后，大西军便在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等率领下，在川南、云、贵一带，深入少数民族地区，团结各族人民斗争，由于大西军纪律严明，得到少数民族的拥护，他们踊跃参军，英勇战斗。李定国所率之兵，就有一半为少数民族。