自清初改土归流以后，清政府在苗族地区建立了府、厅、州、县等政府机构，又建立了镇、协、营、汛等军事据点，对苗族人民进行直接控制。清朝各级大小官吏争相对苗族人民进行掠夺和剥削，满、汉地主和高利贷商人在苗族地区也大肆盘剥，兼并土地，役使贫苦苗民。高利贷条件比其它地区更为苛刻，一般都是以制钱800文当1000文贷出，每月加息钱50文，到3月不还，又转息为本，息上加息，一年利息，可四次转本，息过本金好几倍。地主、高利贷者还常乘苗民空乏时逼债，没钱就折算田地。此外，还有 “放新谷”、“断头粮” 等高利贷剥削。在苗族地区，土地日益集中，民族压迫和阶级压迫愈益严重。
乾隆六十年 (1795年) 正月，贵州铜仁大砦营苗民首领石柳邓率先起义。湖南永绥厅石三保、凤凰厅吴半生、乾州厅吴八月等各砦苗民纷纷响应。他们提出 “逐客民、复故地” 的口号。“客民” 即满、汉地主和高利贷者。义军发展迅速，很快控制了贵州、湖南、四川三省广大地区。清政府派云贵总督福康安、四川总督和琳率10余万兵力进剿。苗民利用高山峻岭，充分依靠各地群众，运用机动灵活的战术，不断给清军以沉重打击。
清政府又采取“以苗治苗” 的分化政策，以 “官秩” 和 “金帛” 进行招抚和利诱，收买叛徒，用计俘获了首领吴八月。嘉庆元年 (1796年) 十二月，义军杰出首领石柳邓在战斗中牺牲，使义军受到严重损失。
但苗族人民并未屈服，他们退入山中继续战斗。直到嘉庆十一年 (1806年)，苗族人民的起义才被镇压下去。
