清兵在扬州屠城十日后，于五月抵长江北岸，与南岸的镇江隔水相望。南明镇江总兵郑鸿逵以水师扼江而守。
清军要强渡，必损失严重而难以奏效，于是采取了以大船虚张声势，以暗兵乘雾偷渡的办法。当时，清军在大船上特意大放灯火，在夜深人静时驶入江中，郑鸿逵令明军发炮轰击，大船皆沉入水中，郑鸿逵高兴非常，以为大胜，向福王连章告捷。
但是，明军高兴太早了。正当朝野上下一片欢庆声时，清兵在大雾的掩护下，已偷渡到了南岸。先头部队是数百骑兵，占据高地鸣螺号，摇军旗。明军始知上当，仓促列阵于甘露寺，可是已经晚了。大队清军纷纷上了南岸，明军只有招架之功而无还手之力。郑鸿逵也就逃往福建去了。
清军既下镇江，直奔南京，福王夜宴闻之，跨马自通济门奔太平，再奔芜湖。马士英也顾不得福王，在卫兵的护卫下，挟帝母妃子逃往浙江。
这时守卫芜湖的明将是黄得功，见福王突然出现，不禁大惊，哭诉着说： “陛下死守京城，臣等尤可尽力，奈何听奸人之言，仓促至此?且臣等正对敌作战。如何扈驾?!”福王说： “非你不可了。我再无所依仗了。”黄得功流着眼泪说： “只好以死扈驾了。”
马士英、阮大铖先后逃到杭州，后来，马士英被清军捉住杀死，阮大铖投降清军，不久也死于阵中。