当清兵到达南京城郊之时，福王已逃走3天了。
腐朽的弘光小朝廷内，除了一部分人尚保有民族气节，以死殉节外，一些重臣勋戚纷纷跪地向清兵投降，重要的降臣有： 总督京营忻城伯赵之龙，魏国公徐允爵，驸马都督齐赞元，灵璧侯汤国祚，安远侯柳祚昌，大学士王铎，礼部尚书钱谦益。四镇的将领高杰之子高元爵、广昌伯刘良佐也在清军进攻的途中归附于清军。清军就是这样顺顺当当占领了南京。北京、南京被清军占领，都是这样不费吹灰之力，可见明朝腐朽已极。
清兵既定南京，派兵在降将刘良佐的引导下，向芜湖进攻。福王欲上船逃走，被清兵截住。黄得功奋力抗击，臂部不幸中箭，但他用帛裹住伤处，登上小船，继续指挥作战。叛将刘良佐向他招降，黄得功怒斥叛徒。这时又一支飞箭射中黄得功左喉，他知大势已难挽回，拔下箭，自刺而死，死得壮烈。
另一将领田雄，挟持福王投降了清兵。清兵押着福王回到南京。百姓见到福王 “夹道唾骂，甚有投瓦砾者”。
多铎在一片胜利声中进入南京，弘光政权那些降臣，冒滂沱大雨，一任衣冠淋漓，长跪道旁迎接。
多铎于是任命江宁、安庆巡抚以下降官373人，又改南京为江宁府，派八旗兵镇守。
从此，清兵以南京为中心，继续向南推进，扫荡各地的抗清武装和明朝残余势力。
