清入关前，达赖喇嘛就与皇太极有联系。顺治九年(1652年)，五世达赖曾进京朝见顺治皇帝，清廷赐金册金印，敕封“西天大善自在佛，领天下释教普通鄂济达赖喇嘛”。但反动农奴主第巴桑结等，表面归附清廷，暗中却与噶尔丹勾结。五世达赖去世后，第巴桑结秘不发丧，于康熙四十四年(1705年)谋害拥护中央政府拉萨汗未逞，第巴桑结反被拉萨汗杀掉。康熙五十五年(1716年)，西藏叛乱分子勾结准噶尔叛军杀害拉萨汗。清军入藏击败准噶尔叛军，命康济鼐和颇罗鼐二人分理前后藏事务。雍正五年(1727年)，设驻前后藏两大臣，监督西藏事务。乾隆十五年(1750年)，藏王朱尔墨特勾结准噶尔叛军又进行叛乱。这次叛乱被镇压下去后，清政府废止了藏王制，在达赖下面设噶厦，由四噶布伦分理西藏政务，清朝派兵入藏，在阿克赛钦、日土宗等地设卡伦(边卡)。
乾隆五十六年(1791年)，廓尔喀(尼泊尔)在英国殖民者唆使下侵略西藏，进犯日喀则，掠劫扎什伦布寺，清政府派大将军福康安率满、汉、藏、索伦等族万余人打败了入侵的廓尔喀军。
此后，清政府对西藏的政治、经济、军事等方面进行了重大改革。乾隆五十八年 (1793年) 颁布《钦定西藏章程》，规定驻藏大臣督办藏内事务，其地位与达赖、班禅平等，自噶布伦以下各级地方官员及管事喇嘛，都属驻藏大臣管辖。达赖、班禅以及其他大小呼图克图 “灵童” 转世时的 “金本巴瓶掣签” 仪式，也要由驻藏大臣亲临监视，然后呈请中央政府批准方才有效。其它如财政收支、对外事务、春秋巡视国境也都由驻藏大臣经管。驻藏大臣又整顿了地方军事组织，铸造西藏地方银币。通过这些措施加强了中央政府对西藏的管理。
