清代对东北三省、新疆、蒙古、西藏、青海及云南、贵州、四川、广西等土司地区，设特别行政区，采取与内地不同的行政管理办法。除中央设理藩院专管各少数民族地区的政务外，又在蒙古、新疆、西藏等地设立将军、参赞大臣、驻藏大臣、办事大臣，专掌各该地区的军政大权。这些大臣都是皇帝的特派员，直接听命于皇帝。一般的行政事务，都由各族上层统治者具体处理。如蒙古地区的大小“札萨克”，维族地区的大小 “伯克”，藏族地区的 “噶厦” 官员和喇嘛等。但凡重大事务，都要与中央派去的将军、大臣共同商议，官职也都要中央任命。
清廷对祖宗发祥地东北地区，其管理机构与其它省区也不相同。清朝迁都北京后，在盛京设内大臣一人，副都统二人。顺治三年 (1646年) 改内大臣为昂邦章京，给镇守总管印。康熙元年 (1662年) 改昂邦章京为镇守辽东等地方将军。四年 (1665年) 改为镇守奉天等处地方将军。从顺治十五年 (1658年) 到康熙三十年 (1691年) 间，陆续设立礼、户、工、刑、兵五部(吏部事权统归中央)，每部置侍郎一人为长官。顺治十四年(1657年)，在盛京辖区设奉天府，置府尹、府丞各一人，主管民政。顺治十年 (1654年) 增置宁古塔昂邦章京及副都统二员，统辖吉林、黑龙江地区。康熙元年 (1662年)，改为宁古塔将军。康熙二十二年 (1683年)，为抗击沙俄侵略的需要，又析设黑龙江将军 (康熙三十八年移住齐齐哈尔)，管理黑龙江地区。