清入关后，贪污腐败之风愈演愈烈，严重威胁清政权的巩固。
早在康熙七年 (1668年)，康熙皇帝上谕户部时就指出 “地方官员，滥征私派……或入私囊，或贿上官，致小民脂膏竭尽”，康熙十八年 (1679年) 又一次指出六种贪污情况。二十四年(1685年) 惩治了耿文明、穆尔赛两个贪官。三十六年 (1697年) 对山西巡抚温保、布政使甘度两个贪官处斩。
在惩治贪官的同时，康熙皇帝对清官实行奖励政策。
直隶巡抚于成龙到任后，戒州县私加火耗，馈赠上司，他自己对所有贿赂一介不取，被康熙皇帝称为 “天下第一清官”，特赐内帑银1000两，亲乘良马一匹，以示鼓励。并提升于成龙为江南、江西总督。
三河知县彭鹏居官清正，不受民钱，康熙皇帝巡幸三河时了解到这一情况，便对彭鹏奖银300两以养廉，然后擢升为广西巡抚。彭鹏到广西后，罢免了贺县知县喻兆绅、荔浦县知县叶之莘两个贪官之职。
江苏巡抚张伯行居官清正，另一地方官噶礼却多次向康熙帝奏本，说张伯行的坏话。康熙皇帝说： “朕以张伯行操守为天下清官第一，断不可参。” 手批不准，反而撤了噶礼的官职。
事实上，康熙以死刑惩处贪官并不能彻底禁止贪官的滋生，而他表彰的那些廉者清官也未毕真廉真清。而康熙帝在二十四年(1685年) 看到秋决贪官甚多，便下令不要“尽行处决” 了。可见他本人对贪官的惩处也是不彻底的。所以对康熙的反腐倡廉不能评价过高。
