清朝军事建制主要分八旗和绿营二种。八旗又分为满洲八旗、蒙古八旗、汉军八旗。旗设都统 (固山额真)，由中央八旗都统衙门掌握，地方督抚都无权征调。八旗军分为守卫京师的“禁卫兵” (京营兵) 和驻防各地的 “驻防兵”。“禁卫兵” 又分为“郎卫” 和 “兵卫”。“郎卫” 选上三旗 (正黄、镶黄、正蓝) 中才武出众者组成，分班入值禁中，由领侍卫府统领。“兵卫” 建制有： 八旗骁骑营、八旗前锋营、八旗护军营、八旗步军营 (由绿旗兵组成的五城巡捕营亦附属之)、内府三旗 (上三旗)、火器营、健锐营、虎枪营。“驻防兵” 则根据驻防地的轻重，确定驻兵人数之多寡。从省会以下至各城镇要地，分别设将军、都统、副都统、城守卫、防守卫等职。
绿营兵主要是入关后收编的明降军和各省改编的部队，用绿色军旗。兵种有马兵、步兵和水师。在京师者为巡捕营，隶属步军统领。在各省者，有督、抚、提、镇诸标，分别由总督、巡抚、提督、总兵所统辖 (抚、提、镇诸标，皆受总督节制)。标下设协，由副将统领。协下设营，由参将、游击、都司、守备统领。营下设汛，由千总、把总分别统领。另外，还有军标 (设在四川、新疆，由将军统辖)、河标 (河道总督统辖)、漕标 (漕运总督统辖) 等。
为加强镇压职能，除八旗军分驻京城和各省城镇重地外，绿营兵也配合驻防，二者互相交错，既便于对各族人民镇压，又便于八旗军对绿营兵的监视和控制。
清朝驻防各地的军队，常常为非作歹，扰害人民，给地方带来不少祸害。