高迎祥被害后，恰好清军入关，卢象升奉调紧急入援京师，王家祯接替了他的职位，起义军主力再度活跃。不久，杨嗣昌任兵部尚书，集中了优势兵力，加强了对起义的镇压。崇祯十年八月，张献忠在南阳与明左良玉部发生了遭遇战，张献忠被射中眉心，又被砍伤面部，伤势较重。其他各支起义军也屡遭败绩。这时，在杨嗣昌的极力推荐下，熊文灿接替王家祯总理五省军务。熊文灿原是两广总督，以招抚解决了沿海的海盗问题，他常将搜刮来的财宝献给朝中大臣，于是大臣便常为他说好话。崇祯帝对他不放心，派出一名太监，以采办药材为名进行暗访。熊文灿又大献殷勤，一日，太监说起中原战乱，熊文灿有些醉了，拍着桌子大骂： “这都是因为诸臣误国，若我去，怎会让盗贼闹到这个地步!” 太监大为感动，说出自己的真实使命，并说将请求皇帝让他去镇压起义。熊文灿这下慌了，忙摆出 “五难四不可” 来推托，太监笑着说，这都可以解决。不久，任命果然下来。熊文灿根本不会用兵打仗，这回吹牛讨了苦差，便把希望寄托于招抚，正好经过前段苦战，明军已取得明显优势，招抚得以顺利进行。崇祯十一年，张献忠部在谷城投降，罗汝才部受招于房县，活动于湖广、河南的各支起义军也相继接受了招安，起义进入低潮。张献忠受抚之后，既不肯去镇压其他农民军，也不肯改编或遣散部下，将1万多人马驻于谷城，常常操练，令士兵屯田，与民间公平交易，为部队筹备粮食装备。熊文灿及其大小贪官不断来索要财物，更激起降军将士的不满。第二年春，熊文灿等秘密调来大批军队，企图以迅雷不掩耳之势，一举歼灭张献忠部。张献忠先发制人，再次举起了义旗，不久罗汝才等部也起而响应。