努尔哈赤回沈阳不久，便郁郁而死，皇太极继承了汗位。袁崇焕因功升辽东巡抚。为了抢时间筑关外防线，袁崇焕没有请示朝廷，便派使与后金议和，皇太极也想先征服朝鲜，双方便有了来往。为此袁崇焕受到弹劾，袁说明自己的意图后，熹宗也就不再追究。天启七年，皇太极征朝鲜归来，随即率大军攻明，至锦州城下，苦攻14天不下，又至宁远，袁崇焕令迎战于城外。皇太极气呼呼地说： “当初我父攻宁远不下，而今我攻锦州不下，这样的野战还不取胜，怎能张扬我国威!” 两军皆殊死战，城上明军用大炮轰击，一直打到第二天，双方死伤惨重。皇太极又回攻锦州，仍攻不下，只得悻悻而归。袁崇焕两败后金军，敌人把他视为眼中钉。这时，袁崇焕却遭到朝内阉党的排挤，被迫辞职还乡。崇祯帝即位后，又起用袁崇焕，赐给他尚方宝剑，将关外军务交他处理。可袁崇焕不能忘记熊廷弼、孙承宗的前车之鉴，请求皇帝不听信谗言，用臣不疑，崇祯站起来严肃地说： “你不要疑虑，朕自有主张。” 崇焕又说： “总之边臣与朝臣不同，军中可惊可疑的事很多，只当论成败大局，不能指摘一言一行的小疵。边臣责任既重，结怨必多，凡是有利于边防的，都不利于边臣自身，何况把敌人逼急了，还会施反间计。因此做边臣实在难。” 皇帝仍耐心地劝慰。事实证明他的担心并不是多余的。崇祯二年十月，皇太极率10万大军绕过宁锦防线，从蒙古绕道进关，西线军备松弛，八旗兵顺利进兵，直趋京师。袁崇焕急率兵入援，由于金军所过不是其防区，他自以为有功无罪。然而京师突遭兵祸，一些人便造谣说是袁崇焕引敌入关，以强迫朝廷议和。皇太极又施反间计，多疑的皇帝果然中计，处死了袁崇焕。