梃击一案结束，太子朱常洛的地位总算确立，由于他帮助皇帝迅速了结此案，神宗从此对他另眼相看。虑及将来，郑贵妃只好极力奉承太子，她看出常洛也是贪财好色之徒，便不时赠以钱财，又挑了8名宫女送给他。饱受冷遇的太子，生活一下转变，便沉溺于酒色之中，对贵妃的怨恨也烟消云散。他本来身体单薄，这一来，很快就垮了。万历四十八年七月，神宗病逝，八月，朱常洛登基，后庙号为光宗。这时，光宗已病弱不支，勉强支撑才完成了登基大典。尽管如此，他仍纵欲不止。一天，宫中设宴，群姬歌舞，光宗按捺不住，又连夜纵欲，第二天就爬不起来了。郑贵妃令内侍崔文升来诊治，崔说是邪热内蕴，便开了清火通利的药品。光宗服药后，一夜间腹泻三四十次，次日便不能动弹了。光宗自知病将不起，开始交待后事。八月二十九日，他召见了方从哲等大臣，当面将长子朱由校托给大臣。随后，皇帝问道： “鸿胪寺有人来进药，他在哪里?” 方从哲说： “鸿胪寺寺丞李可灼说他有仙方，可臣等都不敢相信。”自知不行的皇帝病急乱投医，叫赶紧让他来献药。李可灼献上的药是一种红色药丸，皇帝刚服下觉得似乎好些，还吃了点东西，诸臣听说都很高兴。下午李可灼从宫内出来，方从哲迎上讯问，从哲说皇帝好多了，恐怕药力不足，他又加服一个红丸。第二天早上，皇帝驾崩了。在明朝历史上，神宗是在位时间最长的皇帝，可他的儿子光宗，是在位时间最短的，只有29天，连年号都没来得及改。实际上，光宗已病入膏肓，谁都无法治好，但由于吃了江湖怪药，事情就复杂了，党争又找到绝好题目。这一次，不但要追查郑贵妃，方从哲也被指为弑逆者，被迫辞职，李可灼被充军，崔文升贬放南京。
