士大夫形成派别，党派之间的倾轧空前激烈，明神宗对此采取不置可否的态度，党争便愈演愈烈。万历三十八年前后，围绕李三才的评价问题，两派兴起一场恶斗。万历二十七年，李三才以右佥都御史总督漕运、巡抚凤阳诸府。当时神宗派出的矿监税使横行天下，公然抢夺民财，侵凌地方官吏。李三才上疏直谏：“陛下爱珠玉，小民也要温饱，陛下爱子孙，小民也恋妻子。陛下怎么能为聚敛财富，就不让小民满足温饱之需呢? 怎么能为延年益寿，就不让小民享受朝夕之乐呢?朝廷政令、天下情形弄到目前这种样子，还不发生叛乱，自古以来就没见过。”奏疏呈上一个月，没有任何反应，他又上疏说：“一旦众叛亲离，土崩瓦解，小民皆为敌人，风尘满天，乱众蜂起，陛下将块然独处，这时即使黄金满房，明珠填屋，又由谁来守护呢?”神宗仍是既不采纳也不斥责。实际上，李三才是个善用权术的官员，他在自己的辖区设法打击宦官，逼死囚陷税官爪牙为同党，然后抓来杀掉，以致一些恶狗不敢进入他的地盘。他还积极笼络朝士，抚淮十三年，结交遍天下，有客来到，他便和人谈论当时弊病，无所顾忌地抨击当政大臣，并不时上疏攻击首辅沈一贯，和东林党人站到了一起。其实他并不廉洁，花钱如流水，但他却得到好名声。一次，他宴请顾宪成，只摆上三四样蔬菜，第二天却一下摆上百种佳肴。宪成很惊讶，他只淡淡地说：“昨天偶然缺乏，所以寥寥无几，今天偶然有钱，故罗列满桌。”宪成因此认为他淡泊。东林党人盛赞李三才堪为大臣，想引荐他入客，而浙党对他恨之入骨，攻击他“大奸似忠，大诈似直”，争论辩驳，数月不息。于是，李三才上疏请去，皇帝乐得看热闹，根本不理，三才只好自己引去。