明中叶以来，军屯制度日益破坏，军户失去土地，士兵靠朝廷供养，军费成为国家的沉重负担。严嵩等贪官又大肆贪污军费，军队的饷银早上出于度支之门，晚上就到了奸臣之家，只有十分之四到达边府，边军的将官又层层盘剥，士兵生活十分困苦。军官势家还常常役使虐待士卒，引起士兵的强烈不满。此外，由于朝政的腐败，军官的无能，导致军纪涣散，一些兵痞骄将很难管教。于是，兵变频频发生。嘉靖三年，大同兵卒叛乱。大同处于边防前线，又无险可守，巡抚张文锦为加强边防，在大同以北90里筑了五堡，准备迁军户前往驻守。士兵认为五堡离城太远，敌军来到，必然得不到救援，便声称宁死不去。张文锦严令速去，手下参将把队长拖来打了一顿，激起士兵愤恨，便把张文锦及参将肢解杀掉，一时城中大乱。朝廷派蔡天祐为巡抚，他马上宣布只办首恶，胁从不问。但城内士卒已成惊弓之鸟，相传“必尽杀大同人”，又杀了知县，烧民居数百间。因此朝廷命胡瓒领军征讨，军未至，蔡天祐说服叛卒交出为首者，然后劝胡瓒等班师，人心安定后，蔡天祐杀了数百人，才勉强平定下来。嘉靖十二年，由于总兵李瑾虐待士兵，大同士兵再次反叛，杀了李瑾。起初从乱者仅六七十人，兵部侍郎刘源清力主武力镇压，并声称要重算上次兵变的老账。刘源清的部队斩关而入，大肆杀掠，城外横尸遍野，于是逼使大同士兵更为坚决，关门抵御官军。巡抚急驰而来，反复劝说，士兵们愤愤地说：“城外尸体塞道，还想骗我们吗?”刘源清挖洞灌水，百计尽施，仍未能攻下大同城。第二年春，叛军又勾结蒙古军队，明军腹背受敌，朝野震动。朝廷无奈，罢刘源清，派人说降，士兵久已厌战，听说朝廷能宽恕，便交出为首者投降了。
