北京失陷了，皇帝也死了，但是南方还有许多明军，还有一个陪都南京，如果处理得当，也未必不能以长江为界重建明朝，南宋不就是个榜样吗? 然而这时的统治者比北宋末糟多了。阉党马士英、阮大钺勾结四镇总兵，拥立神宗的孙子、福王朱由崧，改元弘光。在这国难深重之时，大臣仍忙于党争，马士英、阮大钺编了一本叫 “蝗蝻录” 的黑名单，残酷迫害东林党人。弘光帝躲在深宫，整日喝酒作乐，对国事不闻不问，宫中有一副对联写道： “万事何如杯在手，百年几见月当头”，清朝拒绝了弘光政权的求和，兴兵南下，而南明将领为了个人目的正互相杀得不可开交。弘光元年 (1645年) 五月，南京失陷，弘光帝被杀，这个政权前后只存在了1年。随后，浙江的将官在绍兴拥鲁王朱以海监国，同时，唐王朱聿键在福州称帝，建元隆武。两个政权仍然非常腐败。两王相争，闹得势同水火。不久，绍兴陷落，鲁王漂泊海上，最后投奔了郑成功，老死在台湾。隆武政权控制在福建的郑氏家族手中，郑芝龙手中还有几十万军队，但他既不想北上抗清，也不努力设防，只是忙于敲诈勒索，以后更暗中与清军密约，出卖隆武帝，以换取自身的性命与财产。清顺治三年 (1646年)，清军进入福州，隆武帝被杀，郑芝龙归降。隆武政权历时一年零三个月。 其后， 朱聿在广州称帝， 改元绍武; 同时朱由榔在广东肇庆称帝，改元永历。绍武政权仅维持了40天，永历政权在大西农民军余部的支持下，前后维持了16年，一度收复西南大片土地，但很快就衰败了，最后几年躲进缅甸，在清军压境的情况下，缅王交出了永历帝。南明王朝屡仆屡起，不成功是必然的，但汉族将士的倔强精神的确令人感动。