国家机器转了起来，张居正就要推行他多年考虑的改革方针了。只说不做的儒生又说风凉话了： “我们以为张公在朝，当行帝之道，现在看他的议论，不过是富国强兵，仅仅是这样，真真使人失望。” 居正置之一笑，说： “这太客气了，我怎能使国富兵强呢?” 张居正改革的目的恰恰就是富国强兵。富国之策无非开源与节流两个方法。在节流方面，他可真是锱铢必较，裁去大批冗官。为了省费，边军属吏请赏，他也要削减。礼部、翰林院开馆修 《穆宗实录》，照例要设宴招待。居正认为： “一宴之资，动至数百金，省此一事，亦未必非节财之道。” 前后革去此类旧例不可胜数。明初驿站只接待出公差的官员，后来官吏因私旅行及家属皆滥用，使驿站之费难以支付。这时，张居正下令整顿。节省一直落实到皇宫的厨房，宫内的元夕灯火停止了，皇帝赐给宫女的珠宝往往要减省一部分，当皇帝要钱时，内阁总要设法削减一些。开源主要靠清理国家税收，方法是清丈田地和实行一条鞭法。清丈田地的目的是要查出豪强势家隐占的土地。当时全国纳税的土地亩数已较明初大为减少，这明显是大户隐逃的结果，正如民谣所唱：“富家得田贫纳租，年年旧租结新债。”清丈就以原土地额为标准，原额不失就不必查，原额缺失就要进行丈量，结果查出300万顷土地。万历九年，在全国推行一条鞭法。这种方法是将以往名目繁多的各种差役及土贡方物合并，一律征银，役银按丁数和亩数摊派，取消力役，由政府雇人。改变以往田赋征收实物的方法，除供应宫廷食用米的漕粮地区外，其余地区的田赋折实物为银子征收，赋银由地方官直接征收。经济改革的结果，使国家财政大为好转，太仓积粟可支用10年，国库的银子多达400万两。