军阀割据下的联省自治
袁世凯死了，章太炎的人身自由恢复了。但是，全国的政治重心也没有了。北方军阀天天打仗抢地盘，北京政府听由有势力的军阀摆布。南方广州护法，也是军阀角力。章太炎南下，再度与孙中山合作。但是，他没有与孙中山合作建党，走党治之路，而是联省自治。他是当时联省自治的有力鼓吹者。
1920年11月9日，他发表《联省自治虚置政府议》，正式提出他的联省自治主张。他认为：“民国成立以来，九年三乱。”为什么会这样呢？原因就是中央权力太大、太集中：
然近世所以致乱者，皆由中央政府权藉过高，致总统、总理二职为夸者所必争，而得此者，又率归于军阀。攘夺一生，内变旋作，祸始京邑，鱼烂及于四方。非不豫置国会，以相监察，以卵触石，徒自碎耳。
军阀争夺中央权力，是内乱外患的根源。面对这种现状，他的药方是两味：各省自治和虚置中央。
在各省自治上，他说：“今所最痛心者，莫如中央集权，借款卖国，驻防贪横，浚民以生，自非各省自治，则必沦胥以尽。”具体做法是：“自今以后，各省人民，宜自制省宪法，文武大吏，以及地方军队，并以本省人充之；自县知事以至省长，悉由人民直选；督军则由营长以上各级军官会推。令省长处省城，而督军居要塞，分地而处，则军民两政，自不相牵。其有跨越兼圻，称巡阅使，或联军总司令者，斯皆割据之端，亟宜划去。此各省自治之大略也。”
其次是中央。“欲为中国弭乱，则必有大改革焉。所改革者云何？曰约法（天坛宪法亦同）、国会、总统是。约法偏于集权，国会倾于势力，总统等于帝王，引起战争，无如此三蠹者。三蠹不除，中国不可一日安也。”
具体做法是：“今宜虚置中央政府，但令有颁给勋章、授予军官之权；其余一切，毋得自擅。军政则分于各省督军，中央不得有一兵一骑。外交条约则由各该省督军、省长副署，然后有效。币制银行，则由各省委托中央，而监督造币、成色审核、银行发券之权，犹在各省。如是，政府虽存，等于虚牝，自无争位攘权之事。联省各派参事一人，足资监察，而国会亦可不设，则内乱庶其弭矣。”
章太炎鼓吹各省自治、联省自治，真诚爱国，用意良苦。但是，极易为地方军阀割据所用。因此，几年时间，便烟消云散。