中国佛学·走向衰落，禅净实践·明清佛学
明清时期以程朱理学作为官方正统的意识形态，佛教比以前显得越发江河日下。
明代编辑藏经的事业也很发达，曾先后六次编辑《大藏经》，它们是《洪武南藏》、《永乐南藏》、《永乐北藏》、《武林藏》、《万历藏》、《嘉兴藏》。
明代佛教中最活跃的还是禅宗。明初禅宗影响最大的人物是临济宗的传人梵琦，他提倡大慧宗杲的禅法。到了明代中期，曹洞宗的传人仍然以河南嵩山为基地，沿袭着万松行秀以来评唱古则公案的传统;临济宗的传人遍布江南各地，其中只有德宝的禅学略有特色，他改变了看话禅的方法，把念话头、念佛与参话头混在一起。总的说来，这时的禅宗向着讲经说教的方面倾斜，显得没有生气，直到明代后期才重新振作起来。
明代佛学中最有成就的僧人是明代后期的云栖袾宏、紫柏真可、憨山德清、藕益智旭四大高僧。他们既肯定经典教义的研究，又重视禅的实践，也提倡净土信仰，还主张三教一致，推动了明代后期佛教的综合与复兴。
袾宏(1535—1615)住在杭州云栖山，人称莲池大师。他精通华严和禅宗的学说，以净土信仰为核心融汇各宗教义，提倡念佛，认为律是佛制，经是佛说，禅是佛心，三者都归结于念佛;念佛方法中又以持名念佛最为简便而又重要。他主张佛儒二教都是圣人的教化，而其宗旨各有不同，既不应把它们混淆为一，也不必将它们强分为二。他的著作被编辑为《云栖法汇》，其中《禅关策进》专门介绍古代禅师开悟的经验，《水陆法会仪轨》则奠定了后来中国佛教礼仪的基础。
真可(1543—1603)号紫柏，人称紫柏尊者。他游历各地，不专一宗，对各宗教义采取调和的态度，主张儒、道、佛三教一致。他的著作被编辑为《紫柏尊者全集》。著名的《嘉兴藏》也是由他倡导编刻的。
德清(1546—1623)以五台山的北台憨山自号，人称憨山大师。他的思想并不限于一宗，主张融合华严、禅、净，认为念佛是简便易行的参禅办法，而所念的对象阿弥陀佛就是自己的本性，净土则是自己心中的极乐世界。他还主张三教各有用处，认为“不知《春秋》，不能涉世;不精老庄，不能忘世;不参禅，不能出世”。他的语录和著作被编辑为《憨山老人梦游全集》。
智旭(1559—1655)字藕益，人称藕益大师。他阅遍藏经，精通各宗教义，而以天台学说为主，最后归结到净土信仰，认为禅的实践、经典教义、戒律修持分别体现佛的心、语、行，它们不在自己心外，因此参禅、读经和持戒都可在一念之间与念佛相应。他认为三教的本质是一致的，它们都统一于人的本心，只是各自的表现不同而已; 孔子和老子都是用变通的说法来解释本源之心，但是人们不理解儒、道二教的实质，于是误以为它们与佛教不同;因此儒学的道德学问就是佛教的命脉骨髓，如果在世俗是真正的儒者，出世就会成为真佛。他的著作多达五十一部，他的弟子把这些著作分为宗论和释论两类，其中宗论部分编辑为《灵峰宗论》十卷。他所编写的《阅藏知津》是一部重要的佛经题解目录。
明代也不断有儒家学者攻击佛教，于是有些佛教徒为佛教辩护，反驳儒家的排佛论，如姚广孝的《道余录》、心泰的《佛法金汤编》、屠隆的《佛法金汤录》都是这类著作。佛教渗透到明代的儒学当中，特别是以王阳明为代表的一批儒家学者运用禅宗的心性学说和修行方法创立了新儒学中的心学一派，把道学推向了一个新的发展阶段。
清代的顺治皇帝和雍正皇帝都是禅学爱好者。雍正帝自号圆明居士，经常和一些爱好禅学的王宫贵族展开机锋对答，编有《御选语录》，并亲自著书立说参与当时临济宗的争论，他对念佛的提倡也给近代佛教以很大影响。
清代编辑的汉文藏经有雍正至乾隆年间编辑的《龙藏》，另外还有康熙年间在浙江嘉兴编辑的《嘉兴藏》续集 《续藏经》和 《又续藏经》。
明末清初时期，禅宗再度活跃起来。当时的临济宗主要有两个系统，一是以密云圆悟(1566—1642)为代表的天童系，一是以天隐圆修(?—1635)为代表的磐山系。天童系的主要传人有汉月法藏、费隐通容、木陈道忞、破山海明等，其中通容的弟子隐元(1592—1673)东渡日本后开创了日本的黄檗宗;磐山系的主要传人有箬庵通问和玉林通琇等，通问的传人成为清代禅宗最盛的一支。汉月法藏 (1573—1635)提倡宗杲的看话禅，认为目前的任何事物都可作为参究的话头;他在《五宗原》里概括禅宗五家的要点，认为五家的宗旨都是圆相(代表本心佛性)的体现;他还根据这些观点批评当时流行的禅法。法藏的观点引起了圆悟的激烈反对，法藏的弟子弘忍著《五宗救》维护师说，圆悟则先后写了《辟妄七书》、《辟妄三录》和《辟妄救略说》批判法藏师徒的说法。后来雍正皇帝写了《拣魔辨异录》一书，支持圆悟的说法，把法藏师徒的观点定为“魔说”。在他的粗暴干预下，法藏一派被取缔禁止。
从明末开始，曹洞宗在南方发展起来，当时形成了以无明慧经和湛然圆澄为代表的两个系统。慧经住在江西黎川的寿昌寺，他的一派称为寿昌系;圆澄住在浙江绍兴的云门寺，他的一派称为云门系。清代的曹洞宗就来源于这两个系统。寿昌系的传人主要有无异元来、永觉元贤、晦台元镜等;云门系的传人主要有石雨明方、三宜明盂、瑞白明雪等。明末清初的曹洞宗抛弃了评唱古则公案的作法，把禅、净、教、戒更加紧密地结合起来，失去了禅宗原有的特色。
清代僧人编辑了多种禅宗史书，其中比较重要的有通容的《五灯严统》、超永的《五灯全书》、通醉的 《锦江禅灯》、如纯的 《黔南会灯录》等。
清代的居士在佛学方面也作出了许多成绩，如彭绍升的《居士传》、《善女人传》、《净土圣贤录》和钱伊庵的《宗范》等书，都是清代重要的佛教著作。
关于明清佛学的研究著作有陈垣的 《明季滇黔佛教考》和《清初僧争记》、郭朋的《明清佛教》、圣严的 《明末佛教研究》等。