两军各自为政，出海再遭失败

1281年，元朝统治者忽必烈再次下令征战日本。在战争准备期间，忽必烈决定这一次派两支部队渡海作战。一路是东路军，包括蒙古军、汉族军和高丽军，共40000人，战船900艘，由忻都、洪茶丘和金方庆率领，取道高丽，过对马海峡，进攻日本。另一路是江南军，兵力10000人，战船3500艘，由范文虎统帅，从元庆启航，渡东海直趋日本。两路军的总指挥是阿刺罕，定于在1281年6月在壹岐岛会师。然而，日本经过第一次战争后，已经做好了抵抗元军的准备。日本镰仓幕府执政北条时宗大力加强备战，增加日本西部的防御兵力，并费时5年，在博多湾沿岸西起今津，东至箱峙10多公里的地带，修筑了一条高约6尺，厚约1丈的石坝。因此，元军虽然兵力众多，但困难程度比第一次出征更大。而且两路各自为政，分散了力量。

元朝东路军首先出发，于1281年5月26日攻入壹岐岛。根据作战部署，东路应在此等候江南军，共同进兵。但忻都自恃有上次战争的经验，又想争头功，因而无视壹岐会师的部署，在对日本海防缺乏侦察和研究的情况下，贸然率军从壹岐出发，驶向博多湾。这时，博多湾的日军已严阵以待。6月6日，元军舰队进入博多湾后，发现沿海滩头筑有石坝，难以登陆。忻都派出侦察，得知志贺岛和能古岛防御薄弱，也没有石坝，遂令舰船靠近志贺岛锚泊。当夜，日本小股部队乘小船夜袭元军，纵火烧船，元军受到一些损失。第二天，元军洪茶丘率部登陆，占领志贺岛。志贺岛狭长，退潮时，露出的海滩可直通陆地。元军力图占夺海滩，以便从侧后进攻博多守军。元军善长集团进攻，在狭长地带作战很难发挥这一特长，而日军则惯于运用一人一骑的战斗方式，比较适宜于狭长地带的作战。困此，元军在战斗中损失很大，被杀千余人。由于日军的抵抗，元军连续战斗7天也未能前进一步。当时，正值盛夏，疏菜、饮水供应困难，士兵长期在海上生活和战斗，疲惫不堪，造成疫病流行，病死者3000余人。忻都看抢占博多湾的计划难以实现，便决定从志贺岛撤退，驶向壹岐岛，与江南军会师。但部队锐气已经丧夫了。

元朝江南军也是进展不利。先是根据侦察得知，日本平户岛守军均调至大宰府，主帅阿刺罕决定两军改在平户岛会师;随后，阿刺罕病死，接替职务的阿塔海尚未到职，军队无人指挥，因而没能按约定时间到达壹岐岛。6月初，江南军先遣队经过激战，攻占壹岐岛。江南军统帅范文虎鉴于先遣舰队早已出发，遂在阿塔海尚未到职的情况下令江南军在6月18日分批开航。直到7月，两军会师，军威大振。本应立即进攻大宰府，但两路统帅均迟疑不决，在海上停留一天。一天的停留给元军再一次造成致命的的损失。本来，当时已经出现了台风前兆，但元军缺乏海上知识，不识地理，舰队没有开进附近港口避风，也没有采取其他防台风的措施。8月1日，台风袭来，元军船毁人溺，丧师大半。江南军张禧所部和也速䚟儿所部，见天气恶劣，便将战船疏开锚泊，避免了战船在台风袭来时互相碰撞，所以损失不大。台风过后，张禧和也速䚟儿命部属立即救援遇难将士，落水的范文虎也被救起。张禧向范文虎建议，江南军未溺死者尚有半数，且年轻力壮，若将他们组织起来，强行登陆，背水一战，或可取胜。范文虎不听，决定拾残兵班师。这时，平户岛还有被救起的4000士卒，他们无船可乘，范文虎命弃之不顾。张禧不忍，将船上的75匹战马弃之岛上，载4000人回国。遗留岛上的30000多名元军兵士，多数战死，被俘后也大部分被杀。

元军的这次失败，首先是由于缺乏统一指挥和严格的协同动作，两路军各行其是，削弱了军队的战斗力。其次是两军会师后，犹豫不决，既不了解敌情，又不了解海情，终遭失败。