依靠军阀打军阀的恶果
张勋复辟垮台之后,以“再造民国”功臣自居的皖系军阀首领段祺瑞,再次担任国务总理,掌握了北京政府的实权。段祺瑞和支持他的政客们,借口民国已被张勋复辟所破坏,主张另行成立临时参议院,以实现其抛弃《临时约法》和国会的目的。临时约法和旧国会,是民国的象征,段祺瑞政府加以废弃,孙中山认为这是对民国的背叛,决不能够容忍。1917年7月,孙中山由上海到达广州,号召拥护《临时约法》,恢复旧国会。这时,他对北京军阀已经有了进一步的认识,明确指出段祺瑞政府是“伪共和”,和张勋复辟实质上没有什么差别。他强调必须打倒伪共和,建立真共和。在孙中山和中华革命党的影响下,海军总长程璧光脱离北京政府,率第一舰队南下广州,并发表宣言,拥护“护法”。8月,150多名响应护法号召的议员,相继到达广州。当时桂系军阀陆荣廷和滇系军阀唐继尧在争权夺利上和段祺瑞的矛盾很大,又感到自己的力量不足,想利用孙中山的名义来对抗段祺瑞,因此也假意地表示拥护约法,拥护孙中山。9月1日,孙中山在广州召集了非常国会,组成了护法军政府,孙中山为大元帅,陆荣廷、唐继尧为元帅,同北京的段祺瑞政府相对立。在北洋军阀中,以段祺瑞为首的皖系和以冯国璋为首的直系之间,也存在着较深的矛盾。当时,段祺瑞决心“武力统一”中国,派直系军队进入湖南攻打护法军。冯国璋却企图勾结西南军阀以排挤段祺瑞,因此便指示他的军队采取消极态度,并提出了“和平统一”的口号,对护法军政府表示让步。陆荣廷、唐继尧此时大肆活动,拉拢国会议员,排斥孙中山,破坏护法运动。西南军阀在和直系军阀勾结起来之后,就不再支持孙中山的北伐。1918年1月,两广、云贵等省军阀,在广州成立“西南自主各省护法联合会”,同孙中山领导的护法军政府相对抗。5月,孙中山愤而向非常国会辞去大元帅职务。在反动政客的操纵之下,非常国会改组护法军政府,改大元帅制为总裁制,选举陆荣廷、唐继尧、孙中山等7人为总裁,以此削弱孙中山的权力。军政府的实权被西南军阀陆荣廷等人所把持,孙中山离开广州去上海,护法运动至此失败。
护法战争的失败,固然是与没有坚强的革命政党的领导,没有触及民主革命的根本任务,缺乏集中统一的指挥和协调一致的军事行动有关,然而,孙中山在护法战争中的一个重要失误是不懂得用革命军队代替旧军队的重要性和必要性,把希望寄托在滇、桂军阀身上,利用西南军阀反对皖系军阀,结果使自己陷入被动并最终失败。