《赤水玄珠全集》的主要内容,《赤水玄珠全集》导读
《赤水玄珠全集》又称《孙氏医书三种》，简称《赤水玄珠》，系医学丛书，明孙一奎撰，刊行于明万历十二年(1584)，明 《国史·经籍志》、《医藏书目》较早著录。现存主要版本有明万历十二年(1584)刊本;万历二十四年(1596)刊本; 日本明历三年(1657)风月堂左卫门刊本; 清 《四库全书》本; 1914年上海著易堂书局铅印本; 《中国医学大成》本等。1986年人民卫生出版社排印出版凌天翼点校本，为《中医古籍整理丛书》之一种。
孙一奎(约16世纪)，字文垣，号东宿，别号生生子，明代休宁县(今安徽休宁)人，生活于嘉靖、万历年间(1522-1619)，医学家。幼受儒学，15岁后，访伯兄于括苍，遇道士授以方术多验，乃专攻轩岐遗书及诸大家医籍，寒暑无间三年，又师从汪石山弟子黄古潭，曾挟医术远历湘赣江浙等地，广询博览，访师寻友，探冥搜奇，其术日进。历三十余年，学验俱丰，名噪当时。在医理上，对三焦、命门之火有独到见解;在临床上，于噎膈、反胃二证及辨癫、狂、痫之异治，卓然有识。积一生治学与临床经验，著成《孙氏医书三种》。因相传、黄帝求道，多方索之不得，而象罔得之于赤水”，故以 “赤水玄珠”名书，以示珍秘之意。此外，尚撰有《痘诊心印》 等。
《赤水玄珠全集》近140万字，包括 《赤水玄珠》、《医旨绪余》、《孙氏医案》三部分。《赤水玄珠》30卷，分76门，论述内、外、妇、儿各科病证，每门又条分缕析，分述因、证、处方，并附诸家治验。本书专以明证为主，引录历代文献达265种，并结合孙氏临床经验，对于寒热、虚实、表里、气血八者，辨析最详，另对古今病证名的相混之处，论辨也较明晰。《医旨绪余》2卷，共78篇论文，上卷44篇，下卷26篇，是采集诸家之言，评述各家学说汇辑而成。大旨发明太极、阴阳、五行之理，畅发脏腑、气血、经络、命门、相火、三焦之义。其中有些论点较前人有所发挥，有理有据，代表了孙氏的主要学术思想。《孙氏医案》又名《孙文垣医案》，凡5卷，是由其子孙泰来、孙明来及门人余煌等整理的孙氏医案汇集。医案按照孙氏行医地区为序分别加以汇集，计三吴治验2卷，新都治验2卷，宜兴治验1卷，总共398案。各案依治之先后排列，少叙医理，主要阐发证治，总结了孙氏的临证经验。
孙氏三书，是其数十年治学所得和临证经验的总结，也是汇集明以前诸家精粹之大成的作品，医理有阐发，论证有独见，治病有特色，有“出独见而著医绪.辑试方而成玄珠”的称誉。其医案叙述色脉病形，历历如绘，疗效卓著，“大都巧发而奇中”。三书合集，足可相互羽翼参证，相辅相成。本书搜采广博，可谓“融三教之说荟萃于医”，“融《素》《难》于方寸，辨众论归于中。”他以命门为两肾间动气，三焦为原气之别使，动气为生生不息之垠、相火有裨助生生不息之功。其论说不仅阐发了《难经》有关理论，且自出机杼，并与临床辨证施治相结合，是中医学三焦命门学说的一大流派。《四库全书总目提要》称本书“于寒热虚实表里气血八者，谆谆致意，其辨古今病证名称相混之处，尤为明晰。”“其议论诸家长短，谓仲景不徒以伤寒擅名，守真不独以治火要誉，戴人不当以攻击蒙讥，东垣不专以内伤奏绩，阳有余阴不足之论，不可以訾丹溪，而樱宁生之技，亦可并垂不朽，尤千古持平之论。”《郑堂读书记》言其认证真切扼要，并称“各证经文混论者列之于前以为纲，以今人尝称者析之于后为之目，目下各列治法，庶古今通贯，攻治不紊，缓急检阅，免致疑滞，此尤为条理细密处”但书中也掺杂着一些不当的内容，如《玄珠》虚损劳瘵门之方外还丹“专讲以人补人采炼之法，殊非正道。”医案中不免有繁文标榜之处。后人俞东扶《古今医案按》选按其中部分医案，魏之琇又采孙氏医案近半数，节略旁文，收录入《续名医类案》之中，可见《医案》对后世影响亦深。更值得提出的是，本书之中多奇方、验方，皆取自非医家类书，又具 一般医书少有的特色。《赤水玄珠全集》从治学精神到治学方法，从医学理论到临床实践，从医术到医德，均有不少可取之处，是发掘整理祖国医药学的重要文献。