中国古代书院，自唐末五代，经宋、元、明、清，延续1000余年，在中国封建社会中后期学术文化思想和教育培养人才方面产生过重大影响，形成了一套优良的传统，积累了宝贵的经验，作出了重要的贡献。然而在清末中日甲午战争之后，随着西方列强入侵，民族危机日益加深。在西学东渐的刺激下，学习西方，富国强兵，救亡图存的革新浪潮日高。封建教育日趋腐败，书院教育也“弊已积重，习亦难返”，不改革已无出路。
早在甲午战争之前，有识之士，如郑观应、汤震就曾提出“仿照泰西程式”改革书院的主张。甲午战争之后，改革书院的呼声和行动更加强烈和普遍。
甲午战争，中国惨败，中国人民在痛苦中惊醒，要自强必变法，欲变法关键在兴学育才，已成为国人的共识。而广立学校，“所费必多”。有人指出：“今国家正值患贫，何处筹此巨款？”人们很自然想到，改革书院，利用书院已有的基础和条件，以实现尽快兴学育才的目的，不失为一大良策。当时，全国各省及府州县都设有书院，“多者十数所，少者一二所”，并且各有经费，这样，“因旧增广，则事顺而易行，就近分筹，则需少而易集”，对现有书院进行改革，或加以变通整顿，或直接改为学堂，无需更多经费，同样可以尽快实现兴学育才的目的，这是一条“兴学至速之法”。
清末书院自身的颓败，自然是书院改革的内在根据。清代书院除少数独具特色的之外，绝大多数变成科举的附庸，“书院专究制艺，不务实学，乃一无足称矣”。各书院师资猥杂，多为滥竽充数之辈，书院“所延多庸陋之师”，“以疲癃〔long龙〕充数”，“惟以脩脯为事”，“未尝奉教一言”，“经史子集诗赋古文之旨，茫无所解。”结果造成“学生无所问难，院规无所整肃，士习由此败坏。”书院生徒“往往专为膏火奖赏而来”，忘本逐末，“动辄计较锱铢，忿争攻讦，颓废无志，紊乱学规，剽袭冒名”。书院已远非育才之所，反而助长恶习，损德毁行，丧失了兴学育才的作用，因此，改革书院已是势在必行之举了。
最早提出书院改学堂建议的是早期改良主义者郑观应(公元1842—1921年)，他在《盛世危言》一书中说：“中国自州、县、省会、京师各有学宫书院，莫若仍其制而扩充之，仿照泰西程式，稍为变通。文武各分大、中、小三等，设于各州、县者为小学，设于各府、省会者为中学，设于京师者为大学。”但是，郑观应的《盛世危言》一书直到1894年3月才正式刊行，这一建议在很长一段时间，未能在社会上产生实际影响。
鸦片战争后，这种主张再次被提出。光绪二十一年(公元1895年)顺天府府尹胡燏棻〔yufen玉纷〕(公元？—1906年)在《变法自强疏》中提出十条建议，其中第十条即为“设立学堂以储人才”。他认为泰西各国，人才辈出，其大本大源，在于广设各类学堂，学习各种实用知识。反观中国，各省虽也设立书院义塾，但于八股试帖词赋经义之外，一无讲求，明知其无用，又沿袭不改，“人才消耗，实由于此”。他建议：“特旨通饬各直省督抚，务必破除成见，设法变更，弃章句小儒之习，习经济匡世之才，应先举省会书院，归并裁改，创立各项学堂。……数年之后，民智渐开，然后由省而府而县，递为推广，将大小各书院，一律裁改，开设各项学堂。”
第二年，即光绪二十二年(公元1896年)刑部左侍郎李端棻(公元1833—1907年)在《奏请推广学校折》中，也提出类似的建议。他说：“各省及府州县率有书院，岁调生徒入院肄业，聘师讲授，意美法良。惟奉行既久，积习日深，多课帖括，难育异才，今可令每省每县各改其一院，增广功课，变通章程，以为学堂。书院旧有公款，其有不足，始拨官款补之。因旧增广，则事顺而易行。就近分筹，则需少而易集。”
胡、李两人建议，引起朝野重视，但认为“裁改书院一事，关系人才之消长，学术之纯疵，不可不熟筹审议”，应采慎重态度。
直到光绪二十四年(公元1898年)康有为(公元1858—1927年)再次提出：“各直省及府州县，咸有书院，多者十数所，少者一二所，其民间亦有公立书院、义学、社学，学塾，皆有师生，皆有经费。惜所课皆八股试帖之业，所延多庸陋之师，或拥席不讲，坐受脩脯者，……莫若因省府州县乡邑，公私现有之书院、义学、社学、学塾，皆改为兼习中西之学校，省会之大书院为高等学，府州县之书院为中等学，义学、社学为小学。”(《请饬各省改书院淫祠为学堂折》，原载《知新报》)光绪皇帝接受了康有为的建议，七日后即发布上谕：“即将各省府厅州县现有之大小书院，一律改为兼习中学西学之学校。至于学校阶级，自应以省会之大书院为高等学，郡城之书院为中等学，州县之书院为小学，皆颁给京师大学堂章程，令其仿照办理。其地方自行捐办之义学社学等，亦令一律中西兼习，以广造就。”(《光绪朝东华录》四，中华书局本)
也有人认为书院确已无裨实用，但“不探其本，眩于新法，标以西学之名，督以西士之教，势必举中国圣人数千年递传之道术而尽弃之，变本加厉，流弊何所底止”(《皇朝经世文编》卷五，《胡聘之请变通书院章程折》)。因此，既反对“深诋西学者”，也不赞成“过尊西学者”。不必尽改书院为学堂，最好就现有书院加以改革。如：山西巡抚胡聘之和山西学政钱骏祥就主张：大量裁汰书院，重新审核书院经费，重新更定书院章程，延聘硕学通儒担任书院教授，更改书院教学内容和课程。翰林院庶吉生熊希龄认为：“书院积弊太深，由于山长无人”，“学术之衰，由于无师”。他在《为整顿通省书院与黄膺等上陈宝箴书》中提出七条建议，即定教法、端师范、裁乾脩、定期限、勤功课、严监院、速变通。翰林院侍讲学士秦绶章也提出整顿书院的三项措施，即：定课程、重师道、核经费。定课程受到特别重视，他提出书院应设六门课程：经学(经说、讲义、训诂)、史学(时务)、掌故之学(洋务、条约、税则)、舆地之学(测量、图绘)、算学(格致、制造)、译学(各国语言文字)。在保留中国传统课程之外，增加西学课程。
还有人认为书院改革的着眼点不是变通整顿旧书院，而应着力于另辟蹊经，主张创设新型的实学书院，否则“势难骤为更张”。如：浙江巡抚廖寿丰于光绪二十三年(公元1897年)请求设书院兼课中西实学；陕西巡抚张汝梅和陕西学政赵维熙于光绪二十二年(公元1896年)也提出在陕西创设格致实学书院。廖寿丰在杭州创设了求是书院，聘中西教习，兼修中西实学。陕西泾阳创设崇实书院，兼习中西课程。
对于改革书院的三种办法，朝廷起初并未明确表态，而是将书院改学堂、整顿改革、创设新型书院的意见，“一并通行各省督抚学政，参酌采取，以扩旧规而收实效”。各地根据自己的认识和本地实情，采取了不同办法，如：张之洞在湖广改书院为学堂；也有的另设新型书院，更多的是对原有书院进行整顿变通。有的增设时务斋，如：陕西味经书院规定除经史训诂外，必须学习外国教门风土人情、各国历史、万国公法、外国语言文字，对舆地、制造、兵事、电气、光镜、化学、医学、矿学、气球、气钟、算学、重学等“均须各占一门，积渐学去”。江西友教书院全裁童卷，改设算科，聘算学教师，招收算学生。湖南校经书院增设天文、舆地、测量、光化、矿电等设备和课程。湖南岳麓书院也增设掌故、算学和译学。此外，如湖南常德德山书院、江苏江宁惜阴书院和文正书院、苏州正谊书院和平江书院、云南经正书院、广西经古书院都在不同程度上进行了改革，多数是增设新课程，尤以算学为多。
光绪二十四年四月二十三日(公元1898年6月11日)光绪皇帝在百日维新运动中通令全国，书院一律改为学堂。各省均遵旨奉行。贵州巡抚王毓藻在皇帝上谕发布前七天，改省城学古书院为经世学堂。山西巡抚胡聘之将省会令德书院改为省会学堂。两江总督刘坤一在创设新式学堂的同时，将钟山、尊经、惜阴、文正、凤池、奎光等六所书院分别改为府县学堂。江苏学政瞿鸿机[ji机]将江阴南菁书院改为高等学堂。直隶总督荣禄将保定莲池书院改为省会高等学堂，另将天津集贤书院改为北洋高等学堂，将会文、三取、稽古合并改为天津府中学堂、天津县小学堂，问津、辅仁二书院也改为学堂。
但是，由于维新变法运动的失败，慈禧废除新政，一是恢复八股考试，一是停止书院改学堂，令“各省书院请照旧办理，停罢学堂”。
书院改学堂虽被迫中止，但书院改革已是大势所趋，书院虽称“照旧办理”，但事实上已经不可能了。
光绪二十六年(公元1900年)八国联军入侵京城，朝廷被迫西逃，万般无奈，慈禧太后也不得不赞成变法，承认“取外国之长，乃可补中国之短”。书院改学堂作为教育方面的一项新政，再次引起人们的重视。光绪二十七年(公元1901年)湖广总督张之洞和两江总督刘坤一联名上书，重新提出书院改学堂，八月初二(公元1901年9月14日)上谕称：“著各省所有书院，于省城均改设大学，各府及直隶州均改设中学堂，各州县均改设小学堂。”各省纷纷依据本地情况，采取不同的具体步骤，掀起了一个书院改学堂的热潮。至光绪二十八年(公元1902年)大部分省区基本上实现了书院改学堂的要求。存在千余年的古代书院，终于为新式学堂所代替。书院不仅为中国古代文化教育的发展做出了积极的贡献，也为近代教育的发展奠定了基础，书院改学堂确实是发展新式学堂的“至速之法”。书院长期积累的办学经验及教学的优良传统更是我国教育宝库中的珍贵遗产，为新教育的发展提供了有益的借鉴。这也正是研究书院的价值所在。